โปรแกรมคอมไพล์คอมไพล์
ซอฟต์แวร์การจัดการสายพันธุ์ติดตามความสัมพันธ์ในครอบครัว ประวัติการผสมพันธุ์ และข้อมูลผลการบันทึกของสัตว์เพาะพันธุ์แต่ละตัวข้ามหลายชั่วอายุในฐานข้อมูลที่มีโครงสร้าง ทำหน้าที่เป็นโครงสร้างพื้นฐานข้อมูลที่รองรับการคำนวณค่าพันธุกรรมทุกครั้ง การตรวจสอบการผสมกันเองและการตัดสินใจผสมพันธุ์ที่โปรแกรมเพาะพันธุ์ทำ ซึ่งหมายความว่าคุณภาพและความสมบูรณ์ของข้อมูลซอฟต์แวร์จะกำหนดโดยตรงว่าการวิเคราะห์ทางพันธุกรรมที่ต่อยอดจากข้อมูลสายพันธุ์นั้นจะมีความน่าเชื่อถือเพียงใด การบูรณาการระหว่างซอฟต์แวร์ลำดับวงศ์และข้อมูลจีโนม การเชื่อมโยงระเบียนลำดับวงศ์ของแต่ละบุคคลกับจีโนไทป์ SNP หรือข้อมูลการจัดลำดับตัวอักษรที่เกี่ยวข้องเมื่อมี จะช่วยให้โปรแกรมการเพาะพันธุ์สามารถดำเนินการวิเคราะห์ร่วมระหว่างลำดับวงศ์และจีโนม เช่น การประเมินค่าคุณภาพการเพาะพันธุ์แบบ ssGBLUP โดยตรงจากระบบบูรณาการ แทนที่จะต้องทำการปรับข้อมูลลำดับวงศ์และจีโนมในชุดข้อมูลแยกกันด้วยตนเอง ซึ่งกระบวนการปรับข้อมูลนี้ทำให้เกิดภาระงานและความเสี่ยงจริงต่อความผิดพลาดในการจับคู่ข้อมูลหากดำเนินการด้วยตนเองบนแหล่งข้อมูลที่ไม่บูรณาการและแยกออกจากกัน คุณสมบัติการปรับแต่งแผนการผสมพันธุ์ในซอฟต์แวร์การเพาะพันธุ์ที่ก้าวหน้ากว่าจะสามารถเสนอคู่ผสมพันธุ์ที่เหมาะสมโดยอัตโนมัติ ซึ่งบาลานซ์ระหว่างการเพิ่มการได้มาซึ่งยีนที่คาดหวังสูงสุดกับการจำกัดอัตราการเกิดการผสมพันธุ์ภายในตระกูล โดยใช้ตรรกะการเลือกการบริจาคที่เหมาะสมทางคอมพิวเตอร์ แทนที่จะต้องให้พนักงานด้านพันธุศาสตร์ของโปรแกรมการเพาะพันธุ์ดำเนินการปรับแต่งวัตถุประสงค์หลายด้านนี้ด้วยตนเองสำหรับชุดพ่อแม่ผู้สมัครเต็มของแต่ละรอบการเพาะพันธุ์ ความสมบูรณ์ของข้อมูลและความต่อเนื่องในระยะยาวมีความสำคัญอย่างไม่สมส่วนสำหรับซอฟต์แวร์สายพันธุ์เปรียบเทียบกับซอฟต์แวร์ฟาร์มประเภทอื่นหลายประเภท เนื่องจากบันทึกสายพันธุ์ของโปรแกรมการผสมพันธุ์เป็นทรัพย์สินทางประวัติศาสตร์สะสมหลายรุ่นที่ไม่สามารถทดแทนได้ ซึ่งไม่สามารถสร้างขึ้นใหม่ได้ง่าย ๆ หากสูญหายหรือเสียหาย เหมือนกับข้อมูลปฏิบัติการของรอบการผลิตเดียวที่อาจกู้คืนจากแหล่งอื่นได้ การมีวินัยในการสำรองข้อมูลและการวางแผนการย้ายข้อมูลเมื่อโปรแกรมเปลี่ยนแพลตฟอร์มซอฟต์แวร์ในที่สุด จึงเป็นเรื่องที่มีความเสี่ยงสูงมากสำหรับข้อมูลสายพันธุ์ มากกว่าประเภทข้อมูลการจัดการฟาร์มอื่น ๆ ส่วนใหญ่
