মোজাম্বিক এবং ব্লু তেলাপিয়া (বিকল্প তেলাপিয়া প্রজাতি)
মোজাম্বিক তেলাপিয়া (Oreochromis mossambicus) এবং ব্লু তেলাপিয়া (Oreochromis aureus) বিকল্প হিসেবে চাষ করা হয়, অথবা আরও সাধারণভাবে, কিছু প্রজনন ও সংকরায়ন কর্মসূচিতে নাইল তেলাপিয়ার সাথে জেনেটিক উপাদান হিসেবে ব্যবহার করা হয়। প্রতিটি প্রজাতি নাইল তেলাপিয়া থেকে ভিন্ন নির্দিষ্ট কিছু সুবিধা প্রদান করে। ব্লু তেলাপিয়া সাধারণত নাইল তেলাপিয়ার চেয়ে কিছুটা ভালো ঠান্ডা সহ্য করতে পারে, যা বাণিজ্যিকভাবে তেলাপিয়া চাষের উপযোগী শীতলতর অঞ্চলে অত্যন্ত কার্যকর। অন্যদিকে, মোজাম্বিক তেলাপিয়া ঐতিহাসিকভাবে প্রথম দিকের বাণিজ্যিকভাবে চাষকৃত তেলাপিয়া প্রজাতিগুলোর মধ্যে অন্যতম, যদিও নাইল তেলাপিয়ার দ্রুত বৃদ্ধি এবং সামগ্রিক ভালো পারফরম্যান্সের কারণে এটি বিশ্বব্যাপী প্রধান প্রজাতিতে পরিণত হয়েছে। মোজাম্বিক তেলাপিয়া তার আদি আবাসস্থলের বাইরে অনেক অঞ্চলে একটি অনুপ্রবেশকারী প্রজাতি হিসেবে পরিচিত, যা খামার থেকে বেরিয়ে গিয়ে বা ইচ্ছাকৃতভাবে অবমুক্ত করার ফলে বিভিন্ন মিঠা পানির জলাশয়ে প্রাকৃতিক বংশবিস্তার করে বাস্তুসংস্থানের ক্ষতি করেছে। এই অনুপ্রবেশকারী বৈশিষ্ট্যের কারণে অনেক অঞ্চলে এর চাষ সীমিত বা নিষিদ্ধ করা হয়েছে, যা নাইল তেলাপিয়ার ক্ষেত্রে ভিন্ন। ব্লু তেলাপিয়ার ঠান্ডা সহ্য করার ক্ষমতা শীতল জলবায়ুতে তেলাপিয়া চাষের এলাকা সম্প্রসারণের জন্য প্রজনন কর্মসূচিতে বিশেষ গুরুত্ব পেয়েছে। কিছু বাণিজ্যিক হাইব্রিড লাইনে ব্লু তেলাপিয়ার জিন ব্যবহার করা হয় যাতে নাইল তেলাপিয়ার চেয়েও প্রতিকূল তাপমাত্রার অঞ্চলে চাষের মৌসুম বা এলাকা বাড়ানো যায়। যেহেতু তেলাপিয়ার আন্তঃপ্রজাতি সংকরায়নের ফলে অনেক সময় পুরুষ বা প্রজননক্ষমতাহীন অপত্য তৈরি হতে পারে, তাই হরমোন-ভিত্তিক লিঙ্গ পরিবর্তনের বিকল্প হিসেবে এই সংকরায়ন পদ্ধতিটি মনোসেক্স উৎপাদনের একটি কৌশল হিসেবেও ব্যবহৃত হয়।