Sélection Assistée par Marqueurs

La sélection assistée par marqueurs (SAM) utilise un ou quelques marqueurs ADN statistiquement liés à un gène ayant un effet majeur sur un trait d'intérêt économique, permettant aux sélectionneurs de choisir les poissons porteurs de l'allèle favorable directement à partir d'un échantillon de nageoire plutôt que d'un phénotype complet. Les exemples classiques en aquaculture incluent la sélection pour les loci de résistance aux maladies, comme le QTL majeur pour la résistance à la nécrose pancréatique infectieuse chez le saumon atlantique, et pour les gènes de couleur de chair influencés par le métabolisme des caroténoïdes. La SAM est plus efficace lorsqu'un seul locus explique une grande partie de la variation du trait, généralement plus de 10 à 20 % de la variance génétique ; pour les traits polygéniques comme la croissance globale, elle est moins puissante que la sélection familiale ou la sélection génomique. Le processus est pratique pour les écloseries : génotyper les candidats juvéniles, conserver les porteurs et combiner la SAM avec les données de performance conventionnelles. Les limitations incluent la rupture de liaison sur plusieurs générations, qui nécessite une validation périodique des marqueurs, et le risque de perdre le progrès génétique de fond en concentrant la sélection sur un seul locus. La SAM reste moins chère que la sélection génomique à l'échelle du génome et constitue un point d'entrée judicieux pour les programmes de sélection de taille moyenne. Elle s'intègre à la sélection familiale, à la sélection génomique et aux travaux de détermination du sexe, car plusieurs marqueurs commercialement importants sont situés sur les chromosomes sexuels.