Sélection Génomique (Aquaculture)
La sélection génomique est une méthode de sélection qui utilise des données de marqueurs à l'échelle du génome, généralement des dizaines de milliers de SNP, ainsi que des enregistrements phénotypiques pour prédire la valeur génétique (valeur d'élevage estimée génomique, GEBV) des géniteurs candidats avant qu'ils n'atteignent l'âge de reproduction. En aquaculture, où des traits comme la résistance aux maladies et la qualité du filet ne peuvent être mesurés qu'en exposant ou en abattant les poissons, la sélection génomique est transformative : une population de référence de quelques milliers de poissons génotypés et phénotypés entraîne un modèle de prédiction, qui est ensuite appliqué à des milliers de candidats à la sélection génotypés au stade juvénile. Les précisions rapportées des GEBV pour la résistance aux poux de mer, aux maladies bactériennes et à la pancréatite virale varient de 0,4 à 0,8 selon la taille de la population de référence et l'héritabilité du trait, doublant approximativement la réponse à la sélection par rapport à la sélection familiale traditionnelle. Les conséquences opérationnelles sont des générations plus rapides, un coût par décision de sélection plus faible et la capacité de sélectionner des traits qui étaient auparavant trop coûteux à mesurer sur les candidats. La sélection génomique nécessite un investissement soutenu dans les puces SNP ou le séquençage, une généalogie bien entretenue et un contrôle rigoureux de la taille effective de la population afin qu'une sélection intense basée sur les marqueurs ne réduise pas la diversité génétique. Elle est désormais standard dans l'élevage du saumon atlantique et se répand aux programmes de crevettes, de dorades et de tilapias.
