Dépression de consanguinité

La dépression de consanguinité est la perte de vigueur, de croissance, de survie et de performance reproductive qui survient lorsque des poissons apparentés sont accouplés et que la progéniture devient homozygote pour des allèles récessifs délétères. En aquaculture, elle s'accumule silencieusement car une poignée de paires de géniteurs peuvent produire des milliers de descendants qui ensemencent des fermes entières, et dans les populations d'écloserie fermées, le taux de consanguinité augmente approximativement de 1/(2Ne) par génération, où Ne est la taille effective de la population. Les effets mesurables incluent une réduction de 1 à 2% du poids corporel par 10% de coefficient de consanguinité (F), des taux élevés de malformations larvaires, une qualité de sperme réduite et une résistance aux maladies nettement inférieure ; des études sur les salmonidés montrent des pénalités de survie de 5 à 15% pour des valeurs de F supérieures à 0,10. Les défenses pratiques sont délibérées : maintenir au moins 50 à 100 géniteurs non apparentés par génération, faire pivoter les paires d'accouplement avec vérification de la généalogie ou de la parenté par ADN, cryoconserver la laitance des mâles fondateurs et surveiller la consanguinité réalisée avec des marqueurs génomiques plutôt que de supposer que les généalogies sont correctes. La dépression de consanguinité est la principale raison pour laquelle les petites lignées d'écloserie isolées déclinent après quelques générations, et elle sape les gains de tout programme de sélection. C'est le contrepoids direct à l'intensité de la sélection familiale et doit être gérée conjointement avec la taille effective de la population et l'exploitation de l'hétérosis dans les programmes hybrides.