שילוב אקלים חממת אקוופוניקה
שילוב מערכת אקוופוניקה בתוך חממה מבוקרת אקלים יוצר הזדמנות להחלפת אנרגיה בין צד הדגים לצד הצמחים, שאותה לא ניתן לנצל באופן ישיר באותה מידה בתכנוני מתקנים חיצוניים או פנימיים לחלוטין, מכיוון שמי מיכל הדגים, המתוחזקים בדרך כלל בטמפרטורה יציבה, ולעיתים קרובות חמה יותר מאוויר הסביבה החיצוני באקלים ממוזג, יכולים להקרין חום פסולת לאוויר החממה שמסביב, ובכך לקזז חלקית את עומס החימום שהחממה הייתה זקוקה לו אחרת לגידול צמחים, בעוד שבקרת הטמפרטורה של החממה מפחיתה בתורה את איבוד החום של מיכל הדגים לסביבה החיצונית בהשוואה למערכת חיצונית לא מוגנת. CO2 הנוצר מנשימת דגים ומיקרואורגניזמים במערכת, יחד עם כל העשרת CO2 משלימה המשמשת להגברת פוטוסינתזת הצמחים, משפיע על תכנון אוורור החממה, מכיוון שאוורור נאות לבקרת טמפרטורה ולחות יכול גם לאוורר החוצה את יתרון העשרת ה-CO2, מה שמחייב מערכות בקרת אקלים בחממה לאזן בין יעדי טמפרטורה, לחות וריכוז CO2 בו זמנית, במקום לייעל פרמטר בודד באופן בלתי תלוי באחרים. ניהול לחות הוא אתגר ספציפי לאקוופוניקה בחממה, מכיוון שמיכלי דגים פתוחים והלחות הסביבתית הגבוהה יותר בדרך כלל שבה פועלות מערכות אקוופוניקה בהשוואה לפעולות הידרופוניות יבשות בלבד, יכולים לדחוף את לחות החממה לרמות המעודדות מחלות פטרייתיות בצמחים אם האוורור וייבוש האוויר אינם מותאמים כראוי לעומס לחות ספציפי זה של המערכת המשולבת. שינויים אקלימיים עונתיים עדיין משפיעים באופן משמעותי על אקוופוניקה בחממה למרות אפקט הריסון של המבנה, כלומר רוב פעולות האקוופוניקה המסחריות בחממה באקלים ממוזג עדיין דורשות חימום משלים פעיל בחודשי החורף וקירור או הצללה במהלך שיא חום הקיץ, כאשר יתרון חילופי האנרגיה של החממה מפחית אך אינו מבטל את דרישת האנרגיה הכוללת של המתקן לבקרת אקלים.
