Tipizzazione dei Ceppi Patogeni ed Epidemiologia Molecolare
La tipizzazione dei ceppi utilizza il sequenziamento genetico o altri metodi di caratterizzazione molecolare per distinguere tra diversi ceppi della stessa specie patogena, informazioni che supportano l'epidemiologia molecolare, tracciando come una specifica epidemia si sia effettivamente diffusa, se più eventi epidemici apparentemente separati condividono una firma genetica comune del ceppo che indica una singola catena di trasmissione sottostante, o se rappresentano eventi di introduzione geneticamente distinti e indipendenti. Questa analisi fornisce una capacità di tracciamento delle epidemie considerevolmente più precisa rispetto alla semplice conferma della presenza della stessa specie patogena in più località senza risolvere se tali rilevamenti risalgano effettivamente a una fonte di trasmissione condivisa. Questa capacità ha un'applicazione pratica diretta nella biosicurezza, consentendo agli investigatori di determinare se l'epidemia di una specifica azienda agricola sia probabilmente originata da una fonte regionale tracciabile, acqua condivisa, un contatto comune di attrezzature o personale, una specifica spedizione di animali vivi, oppure se rappresenti un evento di infezione indipendente e originato separatamente. Questa informazione influenza direttamente se il successivo intervento di biosicurezza debba concentrarsi su una specifica via di trasmissione identificata o su un miglioramento più ampio e generale della biosicurezza, dato una fonte apparentemente indipendente e meno specificamente tracciabile. La tipizzazione dei ceppi supporta anche le decisioni sulla selezione di vaccini e trattamenti per patogeni che mostrano una variazione documentata a livello di ceppo nel profilo antigenico o nella suscettibilità al trattamento, poiché la conferma di quale specifico ceppo stia causando una data epidemia può informare se un vaccino disponibile sviluppato contro un ceppo diverso sia probabile che fornisca un'adeguata protezione crociata, collegando la tipizzazione dei ceppi direttamente alle considerazioni sulla copertura vaccinale del ceppo e sui test di suscettibilità al trattamento discusse in tutto il glossario nei cluster relativi a benessere, vaccini e parassitologia. La costruzione e il mantenimento di una banca dati di riferimento di ceppi caratterizzati da una data regione o sistema di produzione nel tempo consente alle successive indagini sulle epidemie di confrontare un ceppo appena rilevato con questo riferimento storico, identificando se una nuova epidemia rappresenta un ceppo locale precedentemente circolante e già caratterizzato o un'introduzione genuinamente nuova, una capacità che dipende da una sorveglianza molecolare e un'archiviazione dei dati sostenute e coerenti piuttosto che solo da una caratterizzazione ad hoc e una tantum dei ceppi eseguita indipendentemente per ogni singola indagine sull'epidemia senza costruire questo tipo di risorsa di riferimento cumulativa nel tempo.
