Typage de souches pathogènes et épidémiologie moléculaire
Le typage de souches utilise le séquençage génétique ou d'autres méthodes de caractérisation moléculaire pour distinguer différentes souches de la même espèce de pathogène, une information qui soutient l'épidémiologie moléculaire, en traçant la manière dont une épidémie spécifique s'est réellement propagée, si plusieurs événements épidémiques apparemment distincts partagent une signature génétique de souche commune indiquant une chaîne de transmission sous-jacente unique, ou s'ils représentent des événements d'introduction génétiquement distincts et indépendants. Cette analyse offre une capacité de traçage des épidémies considérablement plus précise que la simple confirmation de la présence de la même espèce de pathogène à plusieurs endroits sans déterminer si ces détections remontent réellement à une source de transmission partagée. Cette capacité a une application pratique directe en biosécurité, permettant aux enquêteurs de déterminer si l'épidémie d'une ferme spécifique provient probablement d'une source régionale traçable, d'une eau partagée, d'un contact commun avec du matériel ou du personnel, d'un envoi spécifique d'animaux vivants, par opposition à un événement d'infection indépendant et d'origine distincte. Cette information détermine directement si l'intervention de biosécurité ultérieure doit se concentrer sur une voie de transmission spécifique identifiée ou sur une amélioration plus large et plus générale de la biosécurité, étant donné une source apparemment indépendante et moins spécifiquement traçable. Le typage de souches soutient également les décisions de sélection de vaccins et de traitements pour les pathogènes présentant une variation documentée au niveau de la souche dans le profil antigénique ou la susceptibilité au traitement, car la confirmation de la souche spécifique causant une épidémie donnée peut éclairer si un vaccin disponible développé contre une souche différente est susceptible de fournir une protection croisée adéquate, reliant directement le typage de souches aux considérations de couverture vaccinale des souches et de tests de susceptibilité au traitement abordées dans les sections bien-être, vaccins et parasitologie de ce glossaire. La construction et la maintenance d'une base de données de référence de souches caractérisées d'une région ou d'un système de production donné au fil du temps permet aux enquêtes épidémiques ultérieures de comparer une souche nouvellement détectée à cette référence historique, identifiant si une nouvelle épidémie représente une souche locale déjà caractérisée et circulant précédemment ou une introduction véritablement nouvelle. Cette capacité dépend d'une surveillance moléculaire soutenue et cohérente et de l'archivage des données, plutôt que d'une caractérisation de souches ad hoc et ponctuelle effectuée indépendamment pour chaque enquête épidémique individuelle sans construire ce type de ressource de référence cumulative au fil du temps.
