Méthodologie d'enquête sur les épidémies

Une enquête structurée sur les épidémies établit systématiquement quel pathogène ou quelle combinaison de facteurs a réellement causé un événement de mortalité donné, quand et comment il est le plus probablement entré dans la population affectée, et quels facteurs de risque spécifiques ont contribué à sa propagation et à sa gravité. Elle suit une logique d'enquête épidémiologique générale adaptée des méthodologies d'enquête sur les épidémies humaines et vétérinaires terrestres, mais appliquée aux voies de biosécurité spécifiques, aux dynamiques de partage de l'eau et à la biologie des pathogènes pertinentes pour les systèmes aquacoles, discutées dans les sections biosécurité et parasitologie de ce glossaire. L'enquête commence généralement par une définition de cas détaillée et une reconstruction chronologique, établissant exactement quels animaux, systèmes et périodes de temps spécifiques ont été réellement affectés et dans quelle séquence, car une définition de cas initiale imprécise ou trop large peut conduire les enquêteurs à des conclusions incorrectes sur la source de l'épidémie et le schéma de propagation en incluant par inadvertance des événements de mortalité non liés ou en excluant des cas réellement liés qui se situent légèrement en dehors d'une définition de cas initiale trop étroite. L'analyse des facteurs de risque compare les conditions et les pratiques dans les populations ou sites comparables affectés par rapport aux non affectés, la source d'alimentation, la source d'eau, les mouvements récents de personnel ou d'équipement, l'adhérence aux pratiques de biosécurité, en parcourant systématiquement le cadre de classement des risques des voies de biosécurité discuté ailleurs dans ce glossaire pour identifier quelle voie spécifique explique le plus plausiblement le schéma d'épidémie observé, plutôt que de se fier à l'intuition de l'enquêteur ou à la cause potentielle la plus évidente et immédiatement apparente sans comparaison systématique avec des explications alternatives. La combinaison de cette enquête épidémiologique et des facteurs de risque avec les outils de diagnostic moléculaire et de typage de souches discutés ailleurs dans ce groupe, confirmant le pathogène causatif spécifique et, le cas échéant, traçant sa source de transmission probable par comparaison de souches, produit une enquête épidémique complète intégrant à la fois la confirmation biologique du pathogène impliqué et la reconstruction épidémiologique de la manière dont il est probablement arrivé et s'est propagé. Les résultats alimentent directement à la fois les actions correctives immédiates de la ferme affectée et, lorsque l'épidémie a une signification régionale plus large, la notification au réseau de surveillance des maladies émergentes et la communication des risques à l'industrie plus large, discutées ailleurs dans ce groupe.