集団遺伝構造解析（親魚調達）

集団遺伝構造解析は、遺伝子マーカーデータを用いて、異なる候補親魚供給集団、異なる野生集団、異なる既存の養殖育種系統が互いにどの程度遺伝的に異なっているか、あるいは類似しているかを特徴づけます。この情報は、育種プログラムが追加の供給集団からの新しい遺伝物質を既存の育種核に組み込むかどうか、またどのように組み込むかを決定する上で直接的に関連します。遺伝的に異なる供給集団は、現在の育種集団には存在しない疾病耐性対立遺伝子やその他の有益な形質を含む、貴重な新規遺伝的多様性を提供することができます。しかし、遺伝的に非常に異なる物質を導入することは、その新しい物質の全体的なパフォーマンスが、プログラムがすでに何世代もかけて改良してきた形質において劣る場合、確立された遺伝的改良を阻害するリスクも伴います。したがって、構造解析は、育種プログラムが、導入される実際の遺伝的関係を理解せずに、純粋な仮定や便宜に基づいて新しい親魚を導入するのではなく、新しい遺伝物質へのアウトクロスについて情報に基づいた証拠に基づく決定を下すのに役立ちます。単一の遺伝的にまとまった育種集団であると想定されていたものの中に意図しない集団構造を検出すること、すなわち、プログラムの既存の親魚が、おそらく歴史的に別々の調達や育種施設間での不十分な混合のために、遺伝的に区別可能なサブグループに意図せず分岐していることを発見することは、それ自体が貴重な診断結果であり、均一な集団であると想定されていたもの全体で観察される形質パフォーマンスや育種価推定値における、そうでなければ不可解な矛盾を説明することができます。特に野生親魚の採集に関して、対象となる野生集団の集団構造解析は、育種プログラムが、実際に捕獲された創始親魚サンプルが、より広範な野生集団の遺伝的多様性をどの程度代表しているかを理解するのに役立ちます。これにより、狭く代表的でない遺伝子サンプルに基づいて新しい育種系統を意図せず確立するのではなく、十分に多様な創始育種集団を確立するために、より広範な地理的または遺伝的範囲にわたる追加の野生採集努力が必要かどうかについての決定を情報に基づかせます。