Phát thải khí mê-tan từ trầm tích ao
Quá trình phân hủy kỵ khí của chất hữu cơ, thức ăn thừa, phân và tảo chết, tích tụ trong trầm tích đáy ao tạo ra khí mê-tan, một loại khí nhà kính có khả năng làm ấm lên trong thời gian ngắn cao hơn đáng kể so với carbon dioxide trên cơ sở mỗi phân tử, khiến việc tạo ra khí mê-tan ở đáy ao trở thành một tác nhân thực sự và, cho đến gần đây, vẫn chưa được đánh giá đúng mức đối với dấu chân khí hậu trực tiếp của nuôi trồng thủy sản, khác với phát thải Phạm vi 3 liên quan đến thức ăn được nghiên cứu kỹ hơn thường chiếm ưu thế trong các cuộc thảo luận về tổng dấu chân. Tỷ lệ sản xuất khí mê-tan tăng theo tải trọng hữu cơ và mức độ kỵ khí của trầm tích, có nghĩa là các biện pháp quản lý tương tự thúc đẩy nhu cầu oxy trầm tích và tác động của sinh vật đáy, cho ăn quá mức, sục khí hoặc thay nước không đủ, loại bỏ trầm tích không thường xuyên giữa các chu kỳ trồng trọt, cũng trực tiếp dẫn đến phát thải khí mê-tan, liên kết tác động khí hậu cụ thể này với các biện pháp quản lý chất lượng nước và sức khỏe sinh vật đáy mà một trang trại có thể đã tối ưu hóa vì những lý do hoàn toàn riêng biệt. Việc đo lường vẫn còn thách thức về mặt phương pháp và ít được tiêu chuẩn hóa hơn so với phép đo khí mê-tan nông nghiệp trên cạn (từ chăn nuôi để so sánh), vì dòng khí mê-tan trong ao thay đổi đáng kể theo độ sâu, loại trầm tích, nhiệt độ và lịch sử quản lý, nghĩa là các nghiên cứu đánh giá vòng đời hiện tại của nuôi trồng thủy sản trong ao mang lại nhiều sự không chắc chắn hơn xung quanh loại phát thải cụ thể này so với phát thải liên quan đến thức ăn vốn tương đối dễ ước tính hơn từ các yếu tố cấp thành phần đã được thiết lập. Bởi vì các biện pháp quản lý trầm tích làm giảm lượng khí thải mêtan, làm sạch đáy ao thường xuyên, cải thiện sục khí để ngăn chặn tình trạng kỵ khí phát triển, trùng lặp trực tiếp với các biện pháp đã được khuyến nghị về chất lượng nước và quản lý bệnh tật, nên việc giảm thiểu khí mêtan trong nuôi trồng thủy sản trong ao trên thực tế thường đạt được như một đồng lợi ích của việc quản lý ao nói chung tốt hơn là yêu cầu một chương trình can thiệp riêng biệt, dành riêng cho khí hậu cụ thể.