基因组近交管理工具

基因组近交管理直接通过标记基因型测量潜在繁殖对之间实际共享的遗传物质，而不是仅仅通过系谱记录间接估计亲缘关系。这能捕捉到比基于系谱的估计更精确、有时也显著不同的真实遗传亲缘关系图景，因为系谱记录假定基于记录祖先的理论预期亲缘关系，而实际基因组亲缘关系可能因每个后代从每个亲本实际继承的特定遗传物质的随机性而因个体而异。这种基因组精确性在实践中很重要，因为两个具有相同系谱预测亲缘系数的个体（例如，都被计算为半同胞）可能携带显著不同的实际基因组亲缘关系，这取决于它们恰好继承了哪些特定的染色体片段。这意味着基因组信息指导的交配决策有时可以在仅凭系谱记录会被评为亲缘关系相同的个体中，识别出真正亲缘关系较远的交配对，从而直接提高育种计划比单独使用系谱方法更精确地管理近交的能力。最优贡献选择是一种越来越多地与基因组亲缘关系数据一起使用的交配对优化方法，它在数学上平衡了最大化育种群体整体遗传增益与将近交增加率限制在可持续的长期水平之间，将近交管理视为育种计划优化中一个明确的、量化的约束，而不是对主要基于性能标准做出的交配决策进行非正式的事后检查。对于历史祖先记录缺失或不可靠的无系谱或不完整系谱的育种计划（在野生来源或近期建立的种群中尤为常见），基因组亲缘关系数据可以作为近交管理的主要依据，完全独立于系谱记录，这一能力使得基因组工具对于处理文档记录较少的始祖群体的新育种计划特别有价值。