מערכות אקוופוניקה מופרדות
מערכת אקוופוניקה מופרדת מפרידה את לולאות גידול הדגים והצמחים למערכות הידראוליות עצמאיות המחוברות רק באמצעות העברה מבוקרת וחד-כיוונית של מים עשירים בחומרים מזינים או פסולת מוצקה מצד הדגים לצד הצמחים, במקום למחזר ברציפות את אותו גוף מים בין שניהם. עיצוב זה מוותר על הפשטות של מערכת הלולאה הבודדת המסורתית לטובת היכולת לייעל באופן עצמאי את כימיית המים של כל צד, במקום לאלץ גם דגים וגם צמחים לסבול מצב פשרה משותף אחד. מערכות מקושרות מסורתיות חייבות לנהל את ה-pH, ריכוז החומרים המזינים והטמפרטורה כערך משותף אחד המשרת את דרישות הדגים והצמחים בו-זמנית. זוהי מגבלה אמיתית, שכן ה-pH האופטימלי עבור רוב מיני הדגים גבוה באופן משמעותי מטווח ה-pH שבו מספר מיקרו-נוטריינטים חיוניים לצמחים הופכים לזמינים ביותר, מה שאומר שמערכת מקושרת פועלת באופן מהותי בנקודת פשרה שהיא תת-אופטימלית לפחות לאחת, ולעיתים קרובות לשתי, המערכות הביולוגיות שהיא משרתת. ההפרדה מאפשרת להתאים, לרכז או להשלים את תמיסת ההזנה בצד הצמחים באופן בלתי תלוי בדרישות כימיית המים של מיכל הדגים עצמו, ומאפשרת למפעילים לדחוף את ריכוז החומרים המזינים בצד הצמחים גבוה משמעותית ממה שדגים יכולים לסבול בבטחה, קרוב יותר לעוצמת חומרי הזנה הידרופוניים קונבנציונליים, תוך שמירה על מיכל הדגים ביעד כימיית מים אופטימלי ונפרד משלו, ושמרני יותר. העיצוב מוסיף מורכבות אמיתית בצנרת ובבקרה ובדרך כלל דורש מינרליזציה של פסולת מוצקה כשלב תהליך ייעודי המגשר בין שתי הלולאות, הממיר פסולת מוצקה של דגים לחומרים מזינים מומסים זמינים לצמחים לפני כניסתה למערכת הצמחים המופרדת, מה שהופך עיצוב מופרד לנפוץ יותר בפעולות מסחריות גדולות המסוגלות לספוג את המורכבות ההנדסית הנוספת מאשר במערכות חצר אחורית פשוטות בקנה מידה קטן.
