שיטות מתן חיסונים (הזרקה, טבילה, אוראלי)
חיסון בהזרקה, הניתן בדרך כלל תוך-צפקית לכל דג בנפרד, משיג בדרך כלל את התגובה החיסונית החזקה והעמידה ביותר מבין שלוש שיטות המתן העיקריות, מה שהופך אותו לגישה הסטנדרטית לחיסונים הדורשים הגנה ארוכת טווח מפני מחלות מרובות במינים כמו סלמון, שבהם הדגים גדולים מספיק לטיפול פרטני. עם זאת, הוא דורש טיפול בכל דג בנפרד, מטיל עומס טיפול אמיתי ועלויות עבודה שהופכות אותו לבלתי מעשי בגודל פרטני קטן ובקנה מידה אוכלוסייתי עצום האופייני לשלבי דגיגים וצעירים מוקדמים ברוב מיני הדגים המגודלים. חיסון בטבילה, שבו טובלים דגים לזמן קצר בתמיסה המכילה חיסון כך שהאנטיגן נספג דרך הזימים והעור, מונע טיפול פרטני לחלוטין ומתאים לצעירים קטנים ורבים יותר, אך בדרך כלל מייצר תגובה חיסונית חלשה וקצרת טווח יותר מהזרקה. משמעות הדבר היא שחיסון בטבילה משמש לעיתים קרובות בשלב חיים מוקדם כמנת פתיחה (priming dose) המיועדת להיות מלווה מאוחר יותר בחיסון דחף (booster) בהזרקה, ברגע שהדגים גדולים מספיק לטיפול פרטני, ובכך משלבים את החוזקות של שתי השיטות על פני שלבי חיים שונים במקום להסתמך על שיטה אחת בלבד לצרכי ההגנה המלאים של הדג. חיסון אוראלי, המספק אנטיגן המשולב במזון, מציע את שיטת המתן הנוחה ביותר ובעלת עלות העבודה הנמוכה ביותר, מכיוון שאינו דורש טיפול פרטני או לוגיסטיקת אמבט טבילה כלל, אלא פשוט מתן דרך שגרת ההאכלה הרגילה. עם זאת, הוא התמודד היסטורית עם פירוק אנטיגן במהלך העיכול לפני שניתן להשיג גירוי חיסוני מספק, מה שמגביל את יעילות ההגנה שהושגה עבור מחלות רבות יחסית להזרקה או טבילה, אם כי מחקר מתמשך בפיתוח פורמולציות המשתמשות בקיפסול וטכנולוגיות הגנה אחרות ממשיך לפעול לשיפור יעילות החיסונים האוראליים בהתחשב ביתרונות המעשיים הברורים שלהם אם ניתן להתגבר על מגבלות היעילות. בחירת שיטת המתן למחלה נתונה ולמערכת ייצור כרוכה בשקילת יעילות ההגנה הניתנת להשגה מול עומס הטיפול, עלות העבודה וההיתכנות המעשית בשלב החיים ובקנה המידה הספציפיים המעורבים, כלומר תכנון פרוטוקול חיסון למחזור ייצור מלא לעיתים קרובות משרשר במכוון שיטות מתן שונות על פני שלבי חיים שונים במקום להתחייב לשיטת מתן אחת לכל תוכנית החיסונים של הדג.