Array Genotyping SNP untuk Pemuliaan Akuakultur
Array genotyping SNP secara simultan membaca ribuan hingga ratusan ribu posisi polimorfisme nukleotida tunggal, yaitu variasi basa tunggal spesifik yang tersebar di seluruh genom individu, dari satu sampel jaringan. Ini mengubah apa yang dulunya memerlukan pengujian penanda tunggal yang ekstensif dan lambat menjadi satu uji standar yang menghasilkan sidik jari genetik padat yang mendukung penentuan silsilah, pemantauan inbreeding, dan perhitungan seleksi genomik, semuanya dari kumpulan data dasar yang sama. Kepadatan array, yaitu jumlah posisi SNP yang disertakan, menyeimbangkan biaya dengan resolusi: array dengan kepadatan lebih rendah lebih murah per sampel dan memadai untuk pemeriksaan silsilah dasar dan kekerabatan, sementara array dengan kepadatan lebih tinggi yang diperlukan untuk prediksi nilai pemuliaan yang lebih rinci dalam seleksi genomik lebih mahal per sampel tetapi menangkap variasi di seluruh genom yang cukup untuk secara signifikan meningkatkan akurasi prediksi dibandingkan hanya menggunakan catatan silsilah. Membangun array SNP spesifik spesies memerlukan investasi awal dalam sekuensing genom dan penemuan varian untuk mengidentifikasi posisi SNP mana yang informatif dan secara konsisten dapat di-genotyping di seluruh populasi pemuliaan target. Ini berarti spesies pemuliaan akuakultur yang sudah mapan, seperti salmon, udang, dan beberapa spesies ikan bersirip dengan program pemuliaan komersial yang matang, kini memiliki array yang dibuat khusus dan tervalidasi. Sementara itu, program pemuliaan yang lebih baru atau berskala kecil untuk spesies yang kurang berkembang secara komersial seringkali masih mengandalkan panel penanda genetik yang lebih murah tetapi beresolusi lebih rendah atau harus memesan pengembangan array kustom yang mahal. Biaya per sampel telah menurun secara substansial seiring dengan penurunan biaya teknologi array dan sekuensing di seluruh industri, yang menjadi pendorong terbesar dalam memperluas seleksi genomik dari alat yang hanya mampu dibeli oleh program pemuliaan terbesar dan paling didanai menjadi sesuatu yang semakin dapat diakses oleh operasi pemuliaan komersial menengah.
