Aplikasi Pengurutan Genom Utuh (Induk)

Pengurutan genom utuh membaca sekuens genetik lengkap individu daripada hanya subset posisi penanda yang ditargetkan, menawarkan data genomik paling komprehensif yang mungkin untuk individu tertentu tetapi dengan biaya per sampel yang secara signifikan lebih tinggi daripada array SNP atau pendekatan genotipe-dengan-pengurutan, itulah sebabnya pengurutan genom utuh dalam program pemuliaan akuakultur komersial biasanya diterapkan secara selektif pada sejumlah kecil induk kunci atau individu referensi yang sangat berharga daripada digunakan untuk genotipe rutin seluruh populasi pemuliaan kandidat di setiap generasi. Aplikasi praktis utama adalah menggunakan data pengurutan genom utuh dari set individu referensi yang representatif untuk menemukan dan mengkarakterisasi penanda genetik baru, yang secara langsung berkontribusi pada desain array berikutnya atau panel referensi panggilan varian yang digunakan untuk genotipe rutin yang lebih hemat biaya dari populasi pemuliaan yang lebih luas, yang berarti pengurutan genom utuh sering berfungsi sebagai lapisan penemuan dasar yang mendukung alat genotipe hilir yang lebih murah dan lebih skalabel daripada menjadi metode genotipe rutin untuk setiap individu itu sendiri dalam sebagian besar program pemuliaan operasional. Mendeteksi varian genetik langka dengan efek besar, termasuk mutasi spesifik yang memberikan resistensi penyakit atau varian resesif berbahaya yang dapat menyebabkan masalah jika diwarisi dalam salinan ganda dari kedua orang tua, sangat diuntungkan dari cakupan komprehensif yang disediakan oleh pengurutan genom utuh, karena varian langka dan penting dapat sepenuhnya terlewatkan oleh array genotipe berdensitas lebih rendah yang kebetulan tidak menyertakan penanda di dekat lokasi genomik varian spesifik tersebut. Seiring dengan terus menurunnya biaya pengurutan di seluruh industri genomik yang lebih luas, pengurutan genom utuh secara bertahap telah berkembang dari alat yang berorientasi penelitian secara eksklusif menjadi aplikasi praktis yang meningkat dalam program pemuliaan akuakultur komersial yang paling canggih dan memiliki sumber daya yang baik, meskipun untuk saat ini, tetap menjadi alat yang diterapkan secara lebih selektif dan strategis daripada metode genotipe rutin di seluruh populasi yang saat ini diandalkan oleh sebagian besar program pemuliaan untuk keputusan seleksi sehari-hari.