Mga Aplikasyon ng Whole Genome Sequencing (Broodstock)
Ang whole genome sequencing ay binabasa ang kumpletong genetic sequence ng isang indibidwal sa halip na isang tanging piniling subset ng mga posisyon ng marker, na nag-aalok ng pinaka-komprehensibong posibleng datos ng genome para sa isang indibidwal ngunit may mas mataas na halaga bawat sample kumpara sa SNP array o genotyping-by-sequencing na mga pamamaraan, kaya ang whole genome sequencing sa mga komersyal na programa ng aquaculture breeding ay karaniwang ginagamit lamang sa piling bilang ng mga partikular na mahalagang key broodstock o reference na indibidwal sa halip na gamitin para sa pangkaraniwang genotyping ng buong kandidato sa breeding population sa bawat henerasyon. Isang pangunahing praktikal na aplikasyon ay ang paggamit ng datos ng whole genome sequencing mula sa isang kinatawan na reference set ng mga indibidwal upang tuklasin at ilarawan ang mga bagong genetic marker, na direktang ginagamit sa kasunod na disenyo ng array o sa variant-calling reference panels na ginagamit para sa mas abot-kayang routine genotyping ng mas malawak na populasyon ng breeding, na nangangahulugang ang whole genome sequencing ay madalas na gumaganap bilang pangunahing discovery layer na sumusuporta sa mas mura at mas scalable na downstream na genotyping tools sa halip na maging routine, bawat-indibidwal na genotyping method mismo sa karamihan ng mga operational breeding program. Ang pagtuklas ng bihira, malalaking epekto na mga variant ng gene, kabilang ang mga partikular na mutasyong nagbibigay ng paglaban sa sakit o nakasasamang recessive na variant na maaaring magdulot ng problema kung minana sa dobleng kopya mula sa parehong magulang, ay nakikinabang partikular sa malawak na saklaw na ibinibigay ng whole genome sequencing, dahil ang mga bihira at mahahalagang variant ay maaaring ganap na hindi mapansin ng isang lower-density genotyping array na hindi sakop ang mga marker malapit sa eksaktong lokasyon ng variant sa genome. Habang patuloy na bumababa ang mga gastos sa sequencing sa pangmatagalang panahon sa mas malawak na industriya ng genomics, ang whole genome sequencing ay unti-unting lumawak mula sa pagiging eksklusibong kasangkapan para sa pananaliksik patungo sa mas praktikal na aplikasyon sa pinaka-advanced at may sapat na pinagkukunan na mga komersyal na programa sa pag-aanak ng aquaculture, kahit na sa ngayon, nananatili itong mas lalo lamang at estratehikong ginagamit na kasangkapan kaysa sa pangkaraniwan, malawakang pamamaraang genotyping na karaniwang ginagamit ng karamihan sa mga programa sa pag-aanak para sa pang-araw-araw na mga desisyon sa pagpili.
