โปรแกรมต่าง ๆ แบบแยกส่วน Genome (Broadstock)

การทำลำดับจีโนมทั้งหมดอ่านลำดับพันธุกรรมทั้งหมดของบุคคล แทนที่จะเป็นเพียงชุดตำแหน่งตัวบ่งชี้ที่กำหนดไว้ ซึ่งให้ข้อมูลจีโนมที่ครอบคลุมที่สุดสำหรับบุคคลนั้น แต่มีต้นทุนต่อชิ้นสูงกว่าวิธี SNP array หรือ genotyping-by-sequencing อย่างมีนัยสำคัญ ซึ่งเป็นเหตุผลที่การทำลำดับจีโนมทั้งหมดในโปรแกรมปรับปรุงพันธุ์สัตว์น้ำในเชิงพาณิชย์มักถูกนำมาใช้แบบเลือกสรรกับสัตว์พันธุ์ตัวเต็มตัวหรือบุคคลอ้างอิงที่มีคุณค่าเป็นพิเศษ แทนที่จะใช้สำหรับการตรวจยีนระดับปกติของประชากรตัวเลือกทั้งหมดในแต่ละรุ่น การประยุกต์ใช้เชิงปฏิบัติหลักคือการใช้ข้อมูลการจัดลำดับจีโนมทั้งหมดจากชุดข้อมูลอ้างอิงของบุคคลที่เป็นตัวแทนในการค้นหาและทำลักษณะเฉพาะของเครื่องหมายทางพันธุกรรมใหม่ ซึ่งส่งผลโดยตรงต่อการออกแบบอาร์เรย์ต่อไปหรือแผงการเรียกตัวแปรอ้างอิงที่ใช้สำหรับการกำหนดจีโนไทป์ประจำวันของประชากรการเพาะพันธุ์ที่กว้างขึ้นอย่างคุ้มค่าในแง่ต้นทุน ซึ่งหมายความว่าการจัดลำดับจีโนมทั้งหมดมักทำหน้าที่เป็นชั้นการค้นพบพื้นฐานที่สนับสนุนเครื่องมือการกำหนดจีโนไทป์ที่มีต้นทุนถูกกว่าและสามารถปรับขนาดได้มากขึ้นในขั้นตอนถัดไป แทนที่จะเป็นวิธีการกำหนดจีโนไทป์สำหรับแต่ละบุคคลตามปกติในโปรแกรมการเพาะพันธุ์ที่ดำเนินการส่วนใหญ่ การตรวจพบความแปรผันทางพันธุกรรมที่หายากและมีผลกระทบสูง รวมถึงการกลายพันธุ์ที่ให้ความต้านทานต่อโรคเฉพาะหรือความแปรผันด้อยที่เป็นอันตรายซึ่งอาจก่อปัญหาหากสืบทอดจากทั้งพ่อและแม่เป็นสำเนาสองชุด จะได้ประโยชน์อย่างยิ่งจากการถอดรหัสจีโนมทั้งหมดที่ครอบคลุมอย่างครบถ้วน เนื่องจากความแปรผันที่สำคัญและหายากอาจถูกมองข้ามโดยแผงจีโนไทป์ที่มีความหนาแน่นต่ำซึ่งบังเอิญไม่มีตัวบ่งชี้ใกล้กับตำแหน่งจีโนมของความแปรผันเฉพาะนั้น เนื่องจากต้นทุนของการทำลำดับจีโนมยังคงลดลงในระยะยาวทั่วทั้งอุตสาหกรรมจีโนมิกส์ การทำลำดับจีโนมทั้งหมดจึงค่อย ๆ ขยายจากเครื่องมือที่เน้นการวิจัยล้วน ๆ ไปสู่การประยุกต์ใช้จริงมากขึ้นในโปรแกรมการเพาะพันธุ์สัตว์น้ำเชิงพาณิชย์ขั้นสูงที่มีทรัพยากรครบถ้วน แม้ว่าตอนนี้ยังคงเป็นเครื่องมือที่ใช้แบบคัดสรรและมีกลยุทธ์มากกว่าการเป็นวิธีการกำหนดจีโนไทป์ทั่วทั้งประชากรตามปกติ ซึ่งโปรแกรมการเพาะพันธุ์ส่วนใหญ่ในปัจจุบันใช้สำหรับการตัดสินใจเลือกตามวันต่อวัน