Mảng kiểu gen SNP cho chăn nuôi thủy sản

Mảng kiểu gen SNP đọc đồng thời hàng nghìn đến hàng trăm nghìn vị trí đa hình đơn nucleotide, các biến thể bazơ đơn cụ thể nằm rải rác trong bộ gen của một cá nhân, từ một mẫu mô, chuyển đổi những gì được sử dụng để yêu cầu xét nghiệm đánh dấu đơn chậm và rộng rãi thành một xét nghiệm tiêu chuẩn hóa duy nhất tạo ra dấu vân tay di truyền dày đặc hỗ trợ việc xác định nguồn gốc, theo dõi cận huyết và tính toán chọn lọc bộ gen, tất cả đều từ cùng một tập dữ liệu cơ bản. Mật độ mảng, số lượng vị trí SNP được bao gồm, đánh đổi chi phí so với độ phân giải: mảng mật độ thấp hơn trên mỗi mẫu và đủ để kiểm tra nguồn gốc và mối quan hệ cơ bản, trong khi mảng mật độ cao hơn cần thiết để dự đoán giá trị nhân giống chi tiết hơn của lựa chọn gen có chi phí cao hơn trên mỗi mẫu nhưng nắm bắt đủ biến thể trên toàn bộ gen để cải thiện một cách có ý nghĩa độ chính xác của dự đoán so với việc chỉ sử dụng các bản ghi phả hệ. Việc xây dựng mảng SNP dành riêng cho loài đòi hỏi đầu tư ban đầu vào giải trình tự bộ gen và khám phá biến thể để xác định vị trí SNP nào có nhiều thông tin và có kiểu gen nhất quán trong quần thể nhân giống mục tiêu, nghĩa là các loài nuôi trồng thủy sản đã được thiết lập tốt, cá hồi, tôm, một số loài cá có vây với các chương trình nhân giống thương mại trưởng thành, hiện đã có sẵn các mảng được xác thực, xây dựng có mục đích, trong khi các chương trình nhân giống mới hơn hoặc quy mô nhỏ hơn cho các loài kém phát triển về mặt thương mại hơn thường vẫn dựa vào các bảng đánh dấu di truyền rẻ hơn nhưng có độ phân giải thấp hơn hoặc phải thực hiện phát triển mảng tùy chỉnh tốn kém. Chi phí cho mỗi mẫu đã giảm đáng kể do công nghệ mảng và chi phí giải trình tự đã giảm trên toàn ngành, đây là động lực lớn nhất mở rộng lựa chọn bộ gen từ một công cụ mà chỉ các chương trình nhân giống lớn nhất, được tài trợ tốt nhất mới có thể chi trả cho một thứ ngày càng dễ tiếp cận đối với các hoạt động nhân giống thương mại cỡ trung bình.