Giảm chi phí kiểu gen theo trình tự
Tính năng sắp xếp kiểu gen theo trình tự áp dụng giải trình tự DNA có mức biểu hiện giảm, chỉ giải trình tự một tập hợp con nhất quán, được nhắm mục tiêu của bộ gen thay vì bộ gen đầy đủ hoặc dựa vào một mảng đánh dấu cố định, được thiết kế sẵn để đồng thời khám phá và đánh dấu kiểu gen trên nhiều cá thể với chi phí trên mỗi mẫu thấp hơn so với giải trình tự bộ gen đầy đủ hoặc mảng SNP được thiết kế sẵn tùy chỉnh, một lợi thế về chi phí giúp các công cụ gen ngày càng dễ tiếp cận hơn đối với các chương trình nhân giống nuôi trồng thủy sản cỡ vừa và nhỏ mà trước đây không thể biện minh cho khoản đầu tư vốn cần thiết cho phát triển mảng tùy chỉnh hoặc mở rộng giải trình tự toàn bộ bộ gen. Tính linh hoạt của phương pháp này, không yêu cầu các điểm đánh dấu phải được chọn trước và xác nhận trước theo cách một mảng cố định thực hiện, khiến nó đặc biệt hữu ích đối với các loài thiếu mảng SNP đã được xác thực và thiết lập, cho phép các chương trình nhân giống bắt đầu đồng thời thu thập dữ liệu bộ gen và phát hiện điểm đánh dấu thay vì cần một giai đoạn phát triển điểm đánh dấu riêng biệt, thường tốn kém trước khi bất kỳ công việc nhân giống bộ gen nào có thể bắt đầu. Xử lý dữ liệu và phân tích tin sinh học cho dữ liệu theo kiểu gen thường liên quan đến tính toán nhiều hơn so với phân tích dữ liệu từ một mảng cố định, được thiết kế sẵn, vì đầu ra trình tự thô yêu cầu căn chỉnh, gọi biến thể và các bước lọc chất lượng mà nền tảng mảng cố định đầu ra được tiêu chuẩn hóa phần lớn tránh được, nghĩa là việc tiết kiệm chi phí cho mỗi mẫu đi kèm với yêu cầu chuyên môn về tin sinh học và độ phức tạp phân tích xuôi dòng bổ sung mà chương trình nhân giống cũng phải được trang bị để xử lý. Việc tiếp tục giảm chi phí giải trình tự trên diện rộng trong ngành công nghiệp gen nói chung đã thúc đẩy các phương pháp tiếp cận kiểu gen dựa trên trình tự gen và các phương pháp tiếp cận kiểu gen dựa trên trình tự liên quan theo hướng tăng khả năng cạnh tranh về chi phí so với mảng cố định, một xu hướng đã dần dần mở rộng các chương trình nhân giống nuôi trồng thủy sản thực tế có đủ khả năng để kết hợp các công cụ chọn lọc gen vào thực hành nhân giống tiêu chuẩn của họ thay vì chỉ giới hạn ở các hoạt động nhân giống thương mại lớn nhất, có vốn hóa tốt nhất.
