การกรองด้วยคาร์บอนกัมมันต์
การกรองด้วยคาร์บอนกัมมันต์จะดูดซับสารประกอบอินทรีย์ที่ละลายน้ำ สารออกซิแดนต์ตกค้าง และสารประกอบที่ทำให้เกิดกลิ่นรสผิดปกติออกจากน้ำเลี้ยง โดยทำหน้าที่ขัดเกลาคุณภาพน้ำที่การกรองทางกายภาพและชีวภาพยังหลงเหลืออยู่ คาร์บอนทำงานโดยการดูดซับที่พื้นผิว คาร์บอนกัมมันต์คุณภาพสูงเพียง 1 กรัมจะมีพื้นที่ผิวภายในถึง 500–1,500 ตารางเมตร ทำหน้าที่ยึดเกาะสารฮิวมิก สีย้อม ยาฆ่าแมลง และโมเลกุลของจีสมิน/เอ็มไอบี (Geosmin/MIB) ที่ทำให้เกิดกลิ่นดิน ในเตียงกรองแบบไหลผ่าน เวลาสัมผัสในเตียงว่าง (empty-bed contact time) ที่เหมาะสมมักจะอยู่ที่ 10–20 นาที ซึ่งสอดคล้องกับอัตราการใช้คาร์บอนประมาณ 1–5 กรัม ต่อน้ำที่บำบัด 1 ลูกบาศก์เมตร ขึ้นอยู่กับภาระสารอินทรีย์ ส่วนในระบบหมุนเวียนน้ำ (RAS) จะออกแบบชุดสัมผัสคาร์บอนให้มีขนาด 5–15% ของปริมาตรระบบต่อชั่วโมง นอกจากนี้ คาร์บอนยังเป็นขั้นตอนป้องกันมาตรฐานหลังจากกระบวนการโอโซนเนชัน เพื่อดักจับโอโซนที่ละลายน้ำและผลพลอยได้จากการออกซิเดชันบางส่วนก่อนที่น้ำจะไหลกลับสู่ปลา ความสามารถในการกรองมีขีดจำกัด หากเกิดการทะลุผ่าน (breakthrough) ซึ่งสังเกตได้จากระดับกลิ่นรสผิดปกติที่เพิ่มขึ้น สารออกซิแดนต์ตกค้าง หรือความใสของน้ำที่ลดลง จะเป็นสัญญาณเตือนให้นำไปฟื้นสภาพหรือเปลี่ยนใหม่ โดยทั่วไปทุกๆ 2–6 เดือนในระบบที่มีภาระของเสียสูง กิจกรรมทางชีวภาพมักจะเข้ามาตั้งถิ่นฐานในเตียงคาร์บอนอย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้ ซึ่งยังพอรับได้แต่ก็อาจใช้อكسิเจนและปล่อยตะกอนละเอียดออกมา การล้างย้อน (backwashing) เป็นประจำจะช่วยควบคุมปัญหานี้ได้ สำหรับคาร์บอนกัมมันต์ชนิดผงจะถูกเติมลงไปโดยตรงที่ความเข้มข้น 5–20 มก./ล. ในกรณีฉุกเฉินที่มีกลิ่นผิดปกติหรือสารพิษ แล้วจึงกำจัดออกด้วยการตกตะกอนและการกรอง ฟาร์มควรติดตามชั่วโมงการทำงานของเตียงกรองและกำหนดเวลาเปลี่ยนตามกราฟการทะลุผ่าน ไม่ใช่ดูแค่ปฏิทินเพียงอย่างเดียว เนื่องจากคาร์บอนที่หมดสภาพแล้วอาจปล่อยสารที่เคยถูกดูดซับไว้กลับออกมาได้