การคัดเลือกโดยอาศัยเครื่องหมายพันธุกรรม

การคัดเลือกโดยอาศัยเครื่องหมายพันธุกรรม (MAS) ใช้เครื่องหมายดีเอ็นเอหนึ่งหรือหลายตัวที่มีความเชื่อมโยงทางสถิติกับยีนที่มีผลสำคัญต่อลักษณะทางเศรษฐกิจ ช่วยให้ผู้เพาะพันธุ์สามารถคัดเลือกปลาที่มีแอลลีลที่เป็นประโยชน์ได้โดยตรงจากชิ้นส่วนครีบ แทนที่จะต้องรอวัดลักษณะปรากฏทั้งหมด ตัวอย่างคลาสสิกในการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ ได้แก่ การคัดเลือกตำแหน่งพันธุกรรมที่ต้านทานโรค เช่น QTL หลักสำหรับความต้านทานโรคเนื้อตายตับอ่อนติดเชื้อในปลาแซลมอนแอตแลนติก และยีนสีเนื้อที่ได้รับอิทธิพลจากการเผาผลาญแคโรทีนอยด์ MAS จะมีประสิทธิภาพสูงสุดเมื่อยีนตำแหน่งเดียวอธิบายความแปรปรวนของลักษณะได้เป็นสัดส่วนใหญ่ โดยทั่วไปคือมากกว่า 10 ถึง 20% ของความแปรปรวนทางพันธุกรรม สำหรับลักษณะที่มีหลายยีนควบคุม (polygenic traits) เช่น การเจริญเติบโตโดยรวม วิธีนี้จะมีประสิทธิภาพน้อยกว่าการคัดเลือกแบบครอบครัวหรือการคัดเลือกด้วยจีโนม ขั้นตอนการทำงานมีความเหมาะสมในทางปฏิบัติสำหรับโรงเพาะฟัก ได้แก่ การตรวจจีโนมปลาวัยอ่อนคัดเลือก การเก็บรักษาปลาที่มีลักษณะดังกล่าว และการผสมผสาน MAS เข้ากับข้อมูลสมรรถนะแบบดั้งเดิม ข้อจำกัดประกอบด้วยการสลายตัวของความเชื่อมโยงทางพันธุกรรมข้ามรุ่น ซึ่งต้องอาศัยการตรวจสอบความถูกต้องของเครื่องหมายเป็นระยะ และความเสี่ยงในการสูญเสียความก้าวหน้าทางพันธุกรรมส่วนพื้นหลังจากการมุ่งเน้นการคัดเลือกที่ยีนตำแหน่งเดียว MAS ยังคงมีราคาถูกกว่าการคัดเลือกด้วยจีโนมทั่วทั้งจีโนม และเป็นจุดเริ่มต้นที่สมเหตุสมผลสำหรับโครงการปรับปรุงพันธุ์ขนาดกลาง วิธีนี้เชื่อมโยงกับการคัดเลือกแบบครอบครัว การคัดเลือกด้วยจีโนม และงานกำหนดเพศ เนื่องจากเครื่องหมายที่มีความสำคัญทางการค้าหลายตัวอยู่บนโครโมโซมเพศ