การกรองน้ำโดยสัตว์มีเปลือกและบริการทางระบบนิเวศ

สัตว์สองฝาที่กรองอาหารกินเป็นอาหาร เช่น หอยนางรมและหอยแมลงภู่ มีกระบวนการกรองปริมาณน้ำรอบตัวจำนวนมากในแต่ละวัน เพื่อกำจัดอนุภาคแขวนลอย แพลงก์ตอนพืช และสารอาหารที่ละลายน้ำบางส่วนในขณะที่มันกินอาหาร ซึ่งเป็นหน้าที่ทางชีวภาพที่ทำให้การเพาะเลี้ยงสัตว์สองฝามีประโยชน์ด้านคุณภาพน้ำที่ชัดเจน ซึ่งแตกต่างและในทางกลับกันกับความกังวลเรื่องภาระสารอาหารที่เกี่ยวข้องกับการเพาะเลี้ยงปลาเกล็ดและกุ้งที่มีการให้อาหาร เนื่องจากการเพาะเลี้ยงสัตว์สองฝาเป็นการดึงสารอาหารออกจากมวลน้ำแทนที่จะเป็นการเพิ่มสารอาหารเข้าไป หน้าที่บริการทางระบบนิเวศนี้ได้สนับสนุนความสนใจที่เพิ่มขึ้นในโปรแกรมการสกัดสารอาหารชีวภาพ (nutrient bioextraction) ซึ่งหน่วยงานกำกับดูแลหรือผู้จัดการชายฝั่งจะให้เครดิตการกำจัดไนโตรเจนและฟอสฟอรัสที่มีการวัดผลได้จากฟาร์มสัตว์มีเปลือก เทียบกับเป้าหมายการลดสารอาหารสำหรับแหล่งน้ำเสื่อมโทรม ในบางกรณีจะสร้างมูลค่าเชิงพาณิชย์หรือมูลค่าเครดิตทางกฎหมายสำหรับการเพาะเลี้ยงสัตว์มีเปลือกนอกเหนือไปจากตัวผลิตภัณฑ์ที่เก็บเกี่ยวได้เอง ประโยชน์จากการกรองน้ำนี้จะมีสัดส่วนตามความหนาแน่นของการปล่อยพันธุ์สัตว์และขนาดของฟาร์มจนถึงจุดหนึ่ง แต่การเพาะเลี้ยงสัตว์มีเปลือกที่มีความหนาแน่นสูงมากอาจทำให้ปริมาณแพลงก์ตอนพืชในท้องถิ่นลดลงต่ำกว่าระดับที่จำเป็นในการรักษาการเจริญเติบโตของผลผลิตเอง หรือต่ำกว่าสายพันธุ์สัตว์ป่าที่กรองอาหารกินชนิดอื่นที่ใช้น้ำร่วมกัน ซึ่งหมายความว่ากรอบแนวคิดเรื่องบริการทางระบบนิเวศไม่ได้ยกเลิกข้อพิจารณาเรื่องขีดความสามารถในการรองรับ (carrying-capacity) ที่ใช้กับการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำทุกประเภท โดยไม่คำนึงว่าผลกระทบสุทธิของสารอาหารจะเป็นบวกโดยรวมหรือไม่ ประโยชน์ร่วมที่ได้รับการบันทึกไว้นอกเหนือจากการกรองน้ำ ได้แก่ เปลือกและโครงสร้างแนวปะการังที่ให้ความซับซ้อนของถิ่นที่อยู่อาศัยสำหรับสิ่งมีชีวิตในทะเลอื่นๆ และการลดทอนพลังงานคลื่นบางส่วนจากโครงสร้างสัตว์มีเปลือกหนาแน่น ซึ่งเป็นประโยชน์ที่มักถูกอ้างถึงมากขึ้นเพื่อสนับสนุนการรวมการเพาะเลี้ยงสัตว์มีเปลือกเชิงพาณิชย์เข้ากับวัตถุประสงค์ในการฟื้นฟูชายฝั่งในการออกแบบโครงการบูรณาการเดียว