Nghiên cứu hiệp hội toàn bộ bộ gen (GWAS) trong nuôi trồng thủy sản
Một nghiên cứu liên kết trên toàn bộ gen kiểm tra thống kê xem các vị trí đánh dấu di truyền cụ thể trên bộ gen có tương quan với sự biến đổi trong một tính trạng đo được, khả năng kháng bệnh, tốc độ tăng trưởng, khả năng chịu stress, trên một quần thể gồm các cá thể có kiểu gen và kiểu hình hay không, xác định vùng gen cụ thể nào thực sự liên quan đến đặc điểm đó thay vì chỉ đơn giản giả định rằng biến thể tính trạng được phân bố đồng đều trên toàn bộ bộ gen mà không có kiến trúc di truyền có thể xác định được. Đối với các loài nuôi trồng thủy sản, GWAS đặc biệt có giá trị trong việc lập bản đồ các đặc điểm kháng bệnh, vì một vùng gen duy nhất có tác động lớn, giải thích phần lớn biến thể di truyền của đặc điểm, đã được xác định đối với một số bệnh có ý nghĩa kinh tế ở các loài nuôi chính, các phát hiện trực tiếp cung cấp thông tin cho việc lựa chọn được hỗ trợ bởi chỉ thị mục tiêu một khi có sẵn chỉ thị liên kết được xác thực thay vì yêu cầu các nhà tạo giống chỉ dựa vào việc chọn lọc bộ gen hoặc kiểu hình chậm hơn, rộng hơn. Sức mạnh nghiên cứu, khả năng phát hiện một cách đáng tin cậy mối liên hệ di truyền thực sự chứ không phải là tạo tác thống kê sai, phụ thuộc rất nhiều vào kích thước mẫu và cấu trúc di truyền cơ bản của đặc điểm, do một đặc điểm được kiểm soát bởi nhiều gen, mỗi gen có hiệu ứng riêng lẻ nhỏ đòi hỏi một quần thể nghiên cứu lớn hơn nhiều để phát hiện một cách đáng tin cậy hơn một đặc điểm được kiểm soát bởi một hoặc một vài gen có hiệu ứng cá thể lớn, nghĩa là các phát hiện GWAS cho các đặc điểm phức tạp, đa gen thường ít có khả năng thực hiện ngay lập tức đối với lựa chọn được hỗ trợ bởi điểm đánh dấu trực tiếp so với các phát hiện về các đặc điểm đơn giản hơn, có hiệu ứng lớn. Xác nhận phát hiện GWAS trong một quần thể độc lập trước khi dựa vào nó để đưa ra quyết định nhân giống là thông lệ tiêu chuẩn, vì mối liên quan được phát hiện trong một quần thể và môi trường cụ thể không tự động khái quát hóa sang một quần thể hoặc môi trường khác mà không có xác nhận, một sự thận trọng đặc biệt phù hợp với các phát hiện về khả năng kháng bệnh trong đó chủng mầm bệnh cụ thể và các điều kiện thách thức được sử dụng trong nghiên cứu ban đầu có thể không phù hợp với các điều kiện trong quần thể của chương trình nhân giống khác.
