Ciliés et Flagellés (Première Alimentation)
Les ciliés (tels que Euplotes, Uronema) et les flagellés (Tetraselmis, Isochrysis, Prymnesium) sont les plus petits aliments vivants, comblant l'écart entre les réserves endogènes de vitellus et la taille des rotifères. Les larves de poissons marins dont l'ouverture buccale est inférieure à 100 micromètres, ainsi que la plupart des larves de crevettes et de crustacés, ne peuvent tout simplement pas ingérer de rotifères lors de la première alimentation. Les écloseries dépendent donc de ces organismes de 5 à 50 micromètres. Les flagellés sont produits dans des cultures d'algues denses (0,5 à 10 millions de cellules par mL) et sont appréciés pour leur propre teneur en nutriments et pour le conditionnement en eau verte, qui stabilise l'environnement d'élevage. Les ciliés occupent une niche trophique entre les algues et les rotifères et sont de plus en plus produits délibérément pour les très petites larves. Le risque pratique est la prolifération incontrôlée : les ciliés et flagellés opportunistes prolifèrent également sur les aliments en décomposition et les déchets de poisson. Leur présence dans les bassins larvaires est donc un signal à double tranchant : une prolifération contrôlée soutient la première alimentation, tandis qu'une prolifération incontrôlée indique une suralimentation et une détérioration de la qualité de l'eau, et précède souvent un effondrement larvaire. La surveillance du microbiote des bassins et l'ajustement quotidien de la densité algale sont des pratiques courantes dans la gestion de la première alimentation.