טפילי מיקרוספורידיה (מעבר ל-EHP)
מיקרוספורידיה הם טפילים תוך-תאיים אובליגטוריים, כלומר הם יכולים להתרבות רק בתוך תאי הפונדקאי עצמו, כאשר Enterocytozoon hepatopenaei (EHP) בשרימפס מבויתים הוא הדוגמה המשמעותית ביותר מבחינה כלכלית ונחקרת ביותר בחקלאות ימית. אך קבוצת המיקרוספורידיה הרחבה יותר כוללת מינים רבים אחרים המשפיעים על פונדקאי דגים וסרטנים מבויתים ופראיים שונים, בדרך כלל מכוונים לסוגי רקמות ספציפיים – שריר, אפיתל מעי, רקמת רבייה – בהתאם למין המיקרוספורידיה הספציפי ולשילוב הפונדקאי המעורב. אבחון דורש בדרך כלל טכניקות מיוחדות מעבר לבדיקה ויזואלית שגרתית, שכן נבגי מיקרוספורידיה קטנים ודורשים שיטות צביעה ספציפיות או זיהוי מולקולרי מבוסס PCR לזיהוי אמין. משמעות הדבר היא שזיהומי מיקרוספורידיה, בדומה ל-EHP באופן ספציפי, מאובחנים לעיתים קרובות בחסר או מיוחסים בטעות לגורמים אחרים של גדילה או מצב ירודים כאשר בדיקה אבחונית שגרתית אינה כוללת במיוחד בדיקות מיקרוספורידיה ממוקדות. אורח החיים הטפילי התוך-תאי הופך את המיקרוספורידיה לעמידים בדרך כלל לטיפולים אנטי-טפיליים קונבנציונליים רבים היעילים נגד טפילים חיצוניים או טפילים השוכנים בחלל המעי, שכן קרום התא של הפונדקאי עצמו מספק לטפיל הגנה מסוימת מפני חשיפה כימית חיצונית שטפיל שוכן-פני שטח או טפיל שוכן-חלל המעי לא היה נהנה ממנה. משמעות הדבר היא שניהול מיקרוספורידיה מסתמך בדרך כלל יותר על מניעה, ביו-בטיחות המונעת כניסת מלאי נגוע, סקר דגי רבייה, ובחירת עמידות גנטית היכן שזמינה, מאשר על טיפול כימי מרפא ישיר של זיהום שכבר התבסס. מספר זיהומי מיקרוספורידיה מתועדים גורמים להשפעה כרונית, תת-קטלנית על הייצור, גדילה מופחתת, פיזור גודל לא אחיד, ולא לתמותה המונית חריפה – דפוס דומה לפרופיל ההשפעה האופייני של EHP עצמו. משמעות הדבר היא שקבוצת טפילי המיקרוספורידיה הרחבה יותר כקטגוריה נוטה להוות גורר מתמשך על יעילות הייצור ואחידותו, שקל לחוות חקלאיות להמעיט בערכו או לייחס אותו בטעות לגורמים אחרים ללא בדיקות אבחון ספציפיות המאשרות את נוכחותו בפועל של הטפיל ותרומתו לחסרונות הביצועים שנצפו.