מיפוי לוקוסים של תכונות כמותיות (QTL)
מיפוי QTL מזהה אזורים ספציפיים בגנום הקשורים סטטיסטית לשונות בתכונה כמותית, הנמדדת בסולם מספרי רציף כגון קצב גדילה או משקל גוף, ולא מאפיין פשוט של נוכחות או היעדר. זאת נעשה על ידי מעקב אחר האופן שבו הערך הנמדד של תכונה משתנה יחד עם דפוסי סמנים גנטיים תורשתיים על פני משפחה או אוכלוסייה מובנית. זוהי טכניקת מיפוי גנטי יסודית שקדמה ובמובנים רבים הניחה את היסודות המתודולוגיים שעליהם נבנו מאוחר יותר מחקרי אסוציאציה כלל-גנומיים (GWAS) המשתמשים בכיסוי סמנים צפוף יותר וכלל-גנומי. מיפוי QTL מסורתי השתמש בדרך כלל במספר קטן יותר של סמנים גנטיים על פני הכלאת רבייה מתוכננת במיוחד, והציע רזולוציה גנומית נמוכה יותר, מזהה רק אזור כרומוזומלי רחב המכיל ככל הנראה את הגן הסיבתי במקום לאתרו במדויק, בהשוואה לגישות GWAS מודרניות עם סמנים צפופים. משמעות הדבר היא שממצאי מיפוי QTL דרשו לעיתים קרובות עבודת מיפוי עדינה נוספת משמעותית כדי לצמצם מאזור רחב שזוהה לגן מועמד בפועל או לגרסה סיבתית מדויקת. למרות שכלים גנומיים מודרניים צפופים החליפו במידה רבה את מיפוי QTL המסורתי כשיטת הגילוי העיקרית לאסוציאציות תכונות חדשות בתוכניות רבייה עתירות משאבים, מסגרת מיפוי QTL וההיגיון הסטטיסטי הבסיסי שלה נותרו יסודיים מבחינה רעיונית להבנת הארכיטקטורה הגנטית – כמה אזורים גנומיים משפיעים על תכונה נתונה ומה גודל ההשפעה האישית של כל אזור. מידע זה מעצב ישירות האם תכונה היא מועמדת טובה לבחירה ממוקדת בסיוע סמנים (MAS) באמצעות סמן אחד או כמה סמנים בעלי השפעה גדולה, לעומת דרישה לגישות בחירה גנומיות רחבות יותר המתאימות יותר לתכונות המושפעות מאזורים גנומיים רבים בעלי השפעה קטנה. אזורי QTL רבים שזוהו היסטורית עבור תכונות חשובות בחקלאות ימית, כגון עמידות למחלות וגדילה, שוכללו ואומתו מאז באמצעות גישות GWAS ומיפוי עדין מודרניות, כלומר פאנלי סמנים של תוכניות רבייה נוכחיות משלבים לעיתים קרובות ממצאים ששורשיהם נטועים בעשרות שנים של מחקר מיפוי QTL מצטבר, גם כאשר טכנולוגיית המיפוי הספציפית עצמה הוחלפה מאז.
