خفض تكلفة تحديد النمط الجيني بالتسلسل
يطبق تحديد النمط الجيني بالتسلسل (Genotyping-by-sequencing) تسلسل الحمض النووي ذي التمثيل المنخفض، حيث يتم تسلسل مجموعة فرعية مستهدفة ومتسقة فقط من الجينوم بدلاً من الجينوم الكامل أو الاعتماد على مصفوفة واسمات ثابتة ومصممة مسبقًا، وذلك لاكتشاف وتحديد النمط الجيني للواسمات الجينية عبر العديد من الأفراد في وقت واحد بتكلفة أقل لكل عينة من تسلسل الجينوم الكامل أو مصفوفة SNP مخصصة مصممة مسبقًا. هذه الميزة التكلفية جعلت الأدوات الجينومية متاحة بشكل متزايد لبرامج تربية الأحياء المائية متوسطة وصغيرة الحجم التي لم تتمكن في السابق من تبرير الاستثمار الرأسمالي المطلوب لتطوير مصفوفات مخصصة أو تسلسل الجينوم الكامل المكثف. مرونة هذا النهج، التي لا تتطلب اختيار الواسمات والتحقق منها مسبقًا كما تفعل المصفوفة الثابتة، تجعله مفيدًا بشكل خاص للأنواع التي تفتقر إلى مصفوفة SNP راسخة ومعتمدة، مما يسمح لبرامج التربية ببدء جمع البيانات الجينومية واكتشاف الواسمات في وقت واحد بدلاً من الحاجة إلى مرحلة تطوير واسمات منفصلة ومكلفة غالبًا قبل أن يبدأ أي عمل تربية جينومي. معالجة البيانات والتحليل المعلوماتي الحيوي لبيانات تحديد النمط الجيني بالتسلسل تكون عمومًا أكثر تعقيدًا من الناحية الحسابية من تحليل البيانات من مصفوفة ثابتة ومصممة مسبقًا، حيث يتطلب ناتج التسلسل الخام خطوات المحاذاة، وتحديد المتغيرات، وتصفية الجودة التي تتجنبها إلى حد كبير مخرجات المنصة ذات المصفوفة الثابتة الموحدة، مما يعني أن توفير التكلفة لكل عينة يأتي مع تعقيد تحليلي إضافي في المراحل اللاحقة ومتطلبات خبرة في المعلوماتية الحيوية يجب أن يكون برنامج التربية مجهزًا للتعامل معها. أدت الانخفاضات المستمرة في تكلفة التسلسل على نطاق واسع عبر صناعة الجينوم بشكل عام إلى دفع تحديد النمط الجيني بالتسلسل والأساليب ذات الصلة لتحديد النمط الجيني القائمة على التسلسل نحو زيادة القدرة التنافسية من حيث التكلفة مقارنة بالمصفوفات الثابتة، وهو اتجاه أدى تدريجيًا إلى توسيع نطاق برامج تربية الأحياء المائية التي يمكنها تحمل تكاليف دمج أدوات الاختيار الجينومي في ممارساتها التربوية القياسية بدلاً من البقاء مقتصرة على أكبر عمليات التربية التجارية ذات رأس المال الأفضل فقط.
