अनुक्रमण द्वारा जीनोटाइपिंग लागत में कमी

अनुक्रमण द्वारा जीनोटाइपिंग (Genotyping-by-sequencing) कम-प्रतिनिधित्व वाले डीएनए अनुक्रमण का उपयोग करती है, जिसमें पूरे जीनोम का अनुक्रमण करने या एक निश्चित, पूर्व-डिज़ाइन किए गए मार्कर सरणी पर निर्भर रहने के बजाय जीनोम के केवल एक लक्षित, सुसंगत उपसमूह का अनुक्रमण किया जाता है। यह कई व्यक्तियों में आनुवंशिक मार्करों को एक साथ खोजने और जीनोटाइप करने के लिए पूर्ण जीनोम अनुक्रमण या एक कस्टम पूर्व-डिज़ाइन किए गए एसएनपी सरणी की तुलना में प्रति-नमूना कम लागत पर किया जाता है। इस लागत लाभ ने जीनोमिक उपकरणों को मध्यम आकार और छोटे जलीय कृषि प्रजनन कार्यक्रमों के लिए तेजी से सुलभ बना दिया है, जो पहले कस्टम सरणी विकास या व्यापक पूर्ण-जीनोम अनुक्रमण के लिए आवश्यक पूंजी निवेश को उचित नहीं ठहरा सकते थे। इस दृष्टिकोण की लचीलापन, जिसमें मार्करों को एक निश्चित सरणी की तरह पहले से चयनित और मान्य करने की आवश्यकता नहीं होती है, इसे उन प्रजातियों के लिए विशेष रूप से उपयोगी बनाता है जिनमें एक स्थापित, मान्य एसएनपी सरणी की कमी होती है। यह प्रजनन कार्यक्रमों को जीनोमिक डेटा संग्रह और मार्कर खोज को एक साथ शुरू करने की अनुमति देता है, बजाय इसके कि किसी भी जीनोमिक प्रजनन कार्य शुरू होने से पहले एक अलग, अक्सर महंगी पूर्व मार्कर-विकास चरण की आवश्यकता हो। अनुक्रमण द्वारा जीनोटाइपिंग डेटा के लिए डेटा प्रसंस्करण और बायोइन्फॉर्मेटिक्स विश्लेषण आमतौर पर एक निश्चित, पूर्व-डिज़ाइन किए गए सरणी से डेटा का विश्लेषण करने की तुलना में अधिक कम्प्यूटेशनल रूप से जटिल होता है, क्योंकि कच्चे अनुक्रमण आउटपुट को संरेखण, वेरिएंट कॉलिंग और गुणवत्ता फ़िल्टरिंग चरणों की आवश्यकता होती है, जिसे एक निश्चित-सरणी प्लेटफॉर्म का मानकीकृत आउटपुट बड़े पैमाने पर टाल देता है। इसका मतलब है कि प्रति-नमूना लागत बचत के साथ अतिरिक्त डाउनस्ट्रीम विश्लेषणात्मक जटिलता और बायोइन्फॉर्मेटिक्स विशेषज्ञता की आवश्यकता आती है जिसे एक प्रजनन कार्यक्रम को संभालने के लिए भी सुसज्जित होना चाहिए। जीनोमिक्स उद्योग में लगातार व्यापक-आधारित अनुक्रमण लागत में गिरावट ने आम तौर पर अनुक्रमण द्वारा जीनोटाइपिंग और संबंधित अनुक्रमण-आधारित जीनोटाइपिंग दृष्टिकोणों को निश्चित सरणियों के सापेक्ष बढ़ती लागत-प्रतिस्पर्धा की ओर धकेला है। यह प्रवृत्ति धीरे-धीरे उन जलीय कृषि प्रजनन कार्यक्रमों का विस्तार कर रही है जो यथार्थवादी रूप से जीनोमिक चयन उपकरणों को अपनी मानक प्रजनन प्रथा में शामिल करने का खर्च उठा सकते हैं, बजाय इसके कि केवल सबसे बड़े, सबसे अच्छी तरह से पूंजीकृत वाणिज्यिक प्रजनन कार्यों तक सीमित रहें।