הפחתת עלויות גנוטיפינג באמצעות ריצוף
גנוטיפינג באמצעות ריצוף (GBS) מיישם ריצוף DNA בייצוג מופחת, המרצף רק תת-קבוצה ממוקדת ועקבית של הגנום במקום את הגנום המלא או הסתמכות על מערך סמנים קבוע ומתוכנן מראש. זאת, כדי לגלות ולבצע גנוטיפינג לסמנים גנטיים בו-זמנית על פני פרטים רבים בעלות נמוכה יותר לדגימה מאשר ריצוף גנום מלא או מערך SNP מותאם אישית ומתוכנן מראש. יתרון עלות זה הפך כלים גנומיים לנגישים יותר ויותר לתוכניות טיפוח באקווקולטורה בגודל בינוני וקטן, שלא יכלו בעבר להצדיק את השקעת ההון הנדרשת לפיתוח מערך מותאם אישית או לריצוף גנום שלם נרחב. הגמישות של הגישה, שאינה דורשת בחירה ואימות מוקדמים של סמנים כפי שמערך קבוע דורש, הופכת אותה לשימושית במיוחד עבור מינים חסרי מערך SNP מבוסס ומאומת, ומאפשרת לתוכניות טיפוח להתחיל באיסוף נתונים גנומיים וגילוי סמנים בו-זמנית, במקום להזדקק לשלב נפרד, ולעיתים קרובות יקר, של פיתוח סמנים לפני שניתן להתחיל בעבודת טיפוח גנומית כלשהי. עיבוד נתונים וניתוח ביו-אינפורמטי עבור נתוני גנוטיפינג באמצעות ריצוף מורכבים בדרך כלל יותר מבחינה חישובית מאשר ניתוח נתונים ממערך קבוע ומתוכנן מראש, מכיוון שפלט הריצוף הגולמי דורש שלבי יישור, זיהוי וריאנטים וסינון איכות, שפלט סטנדרטי של פלטפורמת מערך קבוע נמנע מהם במידה רבה. משמעות הדבר היא שחיסכון בעלויות לדגימה מגיע עם מורכבות אנליטית נוספת במורד הזרם ודרישת מומחיות בביו-אינפורמטיקה, שתוכנית טיפוח חייבת להיות מצוידת להתמודד איתה. ירידות מתמשכות ורחבות היקף בעלויות הריצוף בתעשיית הגנומיקה בכלל דחפו בהתמדה את הגנוטיפינג באמצעות ריצוף וגישות גנוטיפינג מבוססות ריצוף קשורות לכיוון תחרותיות עלויות גוברת ביחס למערכים קבועים. מגמה זו הרחיבה בהדרגה את מגוון תוכניות הטיפוח באקווקולטורה שיכולות להרשות לעצמן באופן ריאלי לשלב כלי ברירה גנומית בפרקטיקת הטיפוח הסטנדרטית שלהן, במקום להישאר מוגבלות רק לפעולות הטיפוח המסחריות הגדולות והממומנות ביותר.
