תכנון אוכלוסיית אימון לברירה גנומית
אוכלוסיית האימון, הנקראת גם אוכלוסיית הייחוס, בתוכנית ברירה גנומית מורכבת מפרטים בעלי נתוני סמנים גנומיים ומדידות פנוטיפיות מתועדות עבור התכונה המבוקשת. הקשר הסטטיסטי הנלמד מאוכלוסיית אימון זו הוא מה שתוכנית הטיפוח מיישמת לאחר מכן כדי לחזות ערכי טיפוח עבור בעלי חיים מועמדים חדשים וצעירים יותר שיש להם נתונים גנומיים אך טרם עברו פנוטיפיזציה עבור אותה תכונה. גודלה, הרכבה ורלוונטיותה של אוכלוסיית האימון לאוכלוסיית הטיפוח הנוכחית קובעים ישירות את מידת הדיוק של התחזיות הגנומיות המתקבלות עבור מועמדים חדשים. אוכלוסיית אימון קטנה מדי או רחוקה מדי מבחינה גנטית מאוכלוסיית המועמדים הנוכחית הנבדקת, מייצרת תחזיות לא אמינות ובעלות דיוק נמוך, ללא קשר למורכבות השיטה הסטטיסטית הגנומית הבסיסית המיושמת על נתוני אימון אלה. משמעות הדבר היא שתוכניות טיפוח חייבות לעדכן ולהרחיב באופן רציף את אוכלוסיית האימון שלהן עם נתוני פנוטיפ וגנוטיפ של כל דור חדש, במיוחד כדי לשמור על דיוק התחזית ככל שההרכב הגנטי של אוכלוסיית הטיפוח משתנה בהדרגה לאורך דורות רצופים של ברירה. עבור תכונות עמידות למחלות באופן ספציפי, בניית אוכלוסיית אימון הולמת דורשת בדרך כלל מבחן אתגר ייעודי, החושף בכוונה מדגם מייצג של אוכלוסיית הטיפוח לפתוגן המבוקש בתנאים מבוקרים ומתעד את תוצאת ההישרדות או חומרת המחלה של כל פרט, מכיוון שפנוטיפים של עמידות למחלות זמינים לעיתים רחוקות מתנאי ייצור רגילים שבהם החשיפה ולחץ המחלה אינם מבוקרים ואינם עקביים ברחבי האוכלוסייה. החלטות תכנון אוכלוסיית האימון – כמה גדול מדגם לפנוטיפיזציה עבור תכונה חדשה או מעודכנת, באיזו תדירות לרענן את אוכלוסיית האימון בנתונים דוריים חדשים – משפיעות ישירות על עלות התפעול השוטפת של תוכנית טיפוח, מכיוון שפנוטיפיזציה, במיוחד עבור תכונות הדורשות מבחן אתגר ייעודי או דגימה הרסנית, יקרה בדרך כלל בהרבה לפרט מאשר גנוטיפיזציה של סמנים גנומיים בלבד. עובדה זו הופכת את גודל אוכלוסיית האימון ותדירות הרענון להחלטת פשרה אמיתית ושקולה היטב בין עלות לדיוק, ולא לבחירה פשוטה למקסם את גודל אוכלוסיית האימון ללא התחשבות בעלות.
