Genomik Seçilim Eğitim Popülasyonu Tasarımı
Genomik seçilim programında eğitim popülasyonu, aynı zamanda referans popülasyon olarak da adlandırılır, hem genomik belirteç verilerine hem de hedeflenen özellik için kaydedilmiş fenotip ölçümlerine sahip bireylerden oluşur. Bu eğitim popülasyonundan öğrenilen istatistiksel ilişki, ıslah programının daha sonra genomik verilere sahip ancak henüz o özellik için fenotiplenmemiş yeni, genç aday hayvanlar için ıslah değerlerini tahmin etmek için uyguladığı şeydir. Bu durum, eğitim popülasyonunun büyüklüğünü, bileşimini ve mevcut ıslah popülasyonuyla olan ilişkisini, yeni adaylar için ortaya çıkan genomik tahminlerin ne kadar doğru olacağını doğrudan belirleyici kılar. Mevcut değerlendirilen aday popülasyonuna göre çok küçük veya çok uzak akraba olan bir eğitim popülasyonu, o eğitim verisine uygulanan temel istatistiksel genomik tahmin yönteminin ne kadar gelişmiş olduğuna bakılmaksızın güvenilmez, düşük doğrulukta tahminler üretir. Bu da, ıslah popülasyonunun genetik bileşimi ardışık seçilim nesilleri boyunca kademeli olarak değiştikçe, ıslah programlarının tahmin doğruluğunu korumak için eğitim popülasyonlarını her yeni neslin fenotip ve genotip verileriyle sürekli olarak güncellemesi ve genişletmesi gerektiği anlamına gelir. Özellikle hastalık direnci özellikleri için, yeterli bir eğitim popülasyonu oluşturmak genellikle özel bir 'challenge' testi gerektirir; bu testte, ıslah popülasyonunun temsili bir örneği kontrollü koşullar altında ilgili patojene kasıtlı olarak maruz bırakılır ve her bireyin hayatta kalma veya hastalık şiddeti sonucu kaydedilir, çünkü hastalık direnci fenotipleri, maruziyetin ve hastalık baskısının kontrolsüz ve popülasyon genelinde tutarsız olduğu sıradan üretim koşullarından nadiren elde edilebilir. Eğitim popülasyonu tasarım kararları (yeni veya güncellenmiş bir özellik için ne kadar büyük bir örneğin fenotipleneceği, eğitim popülasyonunun yeni nesil verilerle ne sıklıkla yenileneceği), bir ıslah programının devam eden işletme maliyetini doğrudan etkiler, çünkü fenotipleme, özellikle özel bir 'challenge' testi veya yıkıcı örnekleme gerektiren özellikler için, genellikle genomik belirteç genotiplemesinden birey başına çok daha pahalıdır. Bu durum, eğitim popülasyonu büyüklüğünü ve yenileme sıklığını, maliyet düşünülmeden eğitim popülasyonu büyüklüğünü basitçe maksimize etme gibi basit bir seçim yerine, gerçek, dikkatle tartılmış bir maliyet-doğruluk dengesi kararı haline getirir.
