基因组选择训练群体设计

基因组选择项目中的训练群体（也称为参考群体）由同时拥有基因组标记数据和目标性状表型测量值的个体组成，从该训练群体中学习到的统计关系随后被育种项目应用于预测那些拥有基因组数据但尚未对该性状进行表型测定的新的、更年轻的候选动物的育种值，因此，训练群体的规模、组成及其与当前育种群体的相关性直接决定了新候选动物基因组预测的实际准确性。规模过小或与当前评估的候选群体亲缘关系过远的训练群体会产生不可靠、准确性较低的预测，无论应用于该训练数据的底层统计基因组预测方法多么复杂，这意味着育种项目必须随着育种群体在连续选择世代中遗传组成的逐渐变化，不断更新和扩展其训练群体，特别是要加入每一新世代的表型和基因型数据，以维持预测准确性。特别是对于抗病性状，建立一个足够的训练群体通常需要专门的攻毒试验，即在受控条件下，故意将育种群体的代表性样本暴露于目标病原体，并记录每个个体的存活或疾病严重程度结果，因为在普通生产条件下，病原体暴露和疾病压力不受控制且在群体中不一致，因此很少能获得抗病性表型。训练群体设计决策，例如为新的或更新的性状进行表型测定的样本量大小，以及多久更新一次训练群体的新世代数据，直接影响育种项目的持续运营成本，因为表型测定，特别是对于需要专门攻毒试验或破坏性取样的性状，通常每个个体的成本远高于单独的基因组标记基因分型，这使得训练群体规模和更新频率成为一个真实的、需要仔细权衡的成本与准确性之间的权衡决策，而不是一个不考虑成本而简单地最大化训练群体规模的直接选择。