Desain Populasi Pelatihan Seleksi Genomik

Populasi pelatihan, juga disebut populasi referensi, dalam program seleksi genomik terdiri dari individu-individu dengan data penanda genomik dan pengukuran fenotipe yang tercatat untuk sifat target, dan hubungan statistik yang dipelajari dari populasi pelatihan ini kemudian diterapkan oleh program pemuliaan untuk memprediksi nilai pemuliaan untuk hewan kandidat baru yang lebih muda yang memiliki data genomik tetapi belum difenotipe untuk sifat tersebut, menjadikan ukuran, komposisi, dan relevansi populasi pelatihan terhadap populasi pemuliaan saat ini secara langsung menentukan seberapa akurat prediksi genomik yang dihasilkan untuk kandidat baru nantinya. Populasi pelatihan yang terlalu kecil atau terlalu jauh hubungannya dengan populasi kandidat saat ini yang dievaluasi menghasilkan prediksi yang tidak dapat diandalkan dan berakurasi rendah, terlepas dari seberapa canggih metode prediksi genomik statistik yang mendasarinya yang diterapkan pada data pelatihan tersebut, yang berarti program pemuliaan harus terus-menerus memperbarui dan memperluas populasi pelatihan mereka dengan data fenotipe dan genotipe setiap generasi baru secara khusus untuk menjaga akurasi prediksi seiring dengan pergeseran komposisi genetik populasi pemuliaan secara bertahap selama generasi seleksi berturut-turut. Khusus untuk sifat ketahanan penyakit, membangun populasi pelatihan yang memadai biasanya memerlukan uji tantang khusus, yaitu dengan sengaja mengekspos sampel representatif dari populasi pemuliaan terhadap patogen yang diminati dalam kondisi terkontrol dan mencatat hasil kelangsungan hidup atau tingkat keparahan penyakit setiap individu, karena fenotipe ketahanan penyakit jarang tersedia dari kondisi produksi biasa di mana paparan dan tekanan penyakit tidak terkontrol dan tidak konsisten di seluruh populasi. Keputusan desain populasi pelatihan, seberapa besar sampel yang akan difenotipe untuk sifat baru atau yang diperbarui, seberapa sering memperbarui populasi pelatihan dengan data generasi baru, secara langsung memengaruhi biaya operasional program pemuliaan yang berkelanjutan, karena fenotipe, terutama untuk sifat yang memerlukan uji tantang khusus atau pengambilan sampel destruktif, biasanya jauh lebih mahal per individu daripada genotipe penanda genomik saja, menjadikan ukuran populasi pelatihan dan frekuensi pembaruan sebagai keputusan pertukaran biaya versus akurasi yang nyata dan dipertimbangkan dengan cermat daripada pilihan langsung untuk hanya memaksimalkan ukuran populasi pelatihan tanpa pertimbangan biaya.