Diseño de la Población de Entrenamiento para Selección Genómica
La población de entrenamiento, también llamada población de referencia, en un programa de selección genómica, consiste en individuos con datos de marcadores genómicos y mediciones de fenotipos registradas para el rasgo objetivo, y la relación estadística aprendida de esta población de entrenamiento es lo que el programa de cría aplica luego para predecir valores genéticos para animales candidatos nuevos y más jóvenes que tienen datos genómicos pero aún no han sido fenotipados para ese rasgo, haciendo que el tamaño, la composición y la relevancia de la población de entrenamiento para la población de cría actual sean directamente determinantes de cuán precisas serán realmente las predicciones genómicas resultantes para los nuevos candidatos. Una población de entrenamiento demasiado pequeña o demasiado distante genéticamente de la población candidata actual que se está evaluando produce predicciones poco fiables y de menor precisión, independientemente de cuán sofisticado sea el método subyacente de predicción genómica estadística aplicado a esos datos de entrenamiento, lo que significa que los programas de cría deben actualizar y expandir continuamente su población de entrenamiento con los datos de fenotipo y genotipo de cada nueva generación específicamente para mantener la precisión de la predicción a medida que la composición genética de la población de cría cambia gradualmente a lo largo de sucesivas generaciones de selección. Específicamente para los rasgos de resistencia a enfermedades, la construcción de una población de entrenamiento adecuada generalmente requiere una prueba de desafío dedicada, exponiendo deliberadamente una muestra representativa de la población de cría al patógeno de interés bajo condiciones controladas y registrando la supervivencia o el resultado de la gravedad de la enfermedad de cada individuo, ya que los fenotipos de resistencia a enfermedades rara vez están disponibles en condiciones de producción ordinarias donde la exposición y la presión de la enfermedad no están controladas y son inconsistentes en toda la población. Las decisiones de diseño de la población de entrenamiento, qué tan grande debe ser una muestra para fenotipar un rasgo nuevo o actualizado, con qué frecuencia se debe actualizar la población de entrenamiento con nuevos datos generacionales, afectan directamente el costo operativo continuo de un programa de cría, ya que el fenotipado, particularmente para rasgos que requieren una prueba de desafío dedicada o muestreo destructivo, es típicamente mucho más costoso por individuo que el genotipado de marcadores genómicos solo, lo que convierte el tamaño de la población de entrenamiento y la frecuencia de actualización en una decisión genuina y cuidadosamente ponderada de compromiso entre costo y precisión, en lugar de una elección sencilla de simplemente maximizar el tamaño de la población de entrenamiento sin considerar el costo.
