ערכי רבייה גנומיים מוערכים (GEBV) ו-ssGBLUP
ערך רבייה גנומי מוערך (GEBV) חוזה את הכשירות הגנטית של פרט לתכונה מסוימת על ידי שילוב פרופיל הסמנים הגנטיים הצפוף שלו עם נתוני התכונה והסמנים מאוכלוסיית ייחוס גדולה יותר של קרובי משפחה. זה מייצר חיזוי מדויק באופן ניכר יותר מחיזוי המבוסס על אילן יוחסין ורישומי פנוטיפ בלבד. זה בעל ערך מיוחד עבור תכונות כמו עמידות למחלות או איכות פגר, שניתן למדוד רק על ידי הקרבת החיה או חשיפתה לאתגר מחלה. המשמעות היא שבעל החיים המועמד לרבייה עצמו לעולם לא יוכל להיות מפונטפ ישירות עבור תכונה ספציפית זו, אך הפרופיל הגנומי שלו עדיין מאפשר למגדלים להעריך את ערכו הגנטי הסביר בהתבסס על ביצועי הסמנים הגנטיים הספציפיים שלו בקרובי משפחה שנמדדו. BLUP גנומי חד-שלבי (ssGBLUP) הוא השיטה הסטטיסטית הסטנדרטית כיום, המשלבת נתוני סמנים גנומיים, נתוני קשרי אילן יוחסין ורישומים פנוטיפיים למודל חיזוי מאוחד אחד בצעד אנליטי יחיד. היא מחליפה גישות רב-שלביות ישנות יותר ששילבו מקורות נתונים שונים אלה בצורה פחות יעילה ועם יותר הזדמנויות לאובדן מידע או חוסר עקביות בין השלבים. דיוק החיזוי תלוי במידה רבה בגודל וברלוונטיות של אוכלוסיית הייחוס המשמשת לכיול המודל, מכיוון שחיזוי גנומי טוב רק במידה שנתוני האימון הבסיסיים המקשרים סמנים גנטיים לתוצאות תכונה בפועל מייצגים וגדולים. המשמעות היא שתוכניות טיפוח מעדכנות ומרחיבות באופן רציף את אוכלוסיית הייחוס שלהן עם נתוני פנוטיפ וגנוטיפ של כל דור חדש, במיוחד כדי לשמר ולשפר את דיוק החיזוי לאורך מחזורי טיפוח עוקבים, במקום להסתמך על אוכלוסיית ייחוס סטטית שהוקמה פעם אחת בתחילת ההיסטוריה של התוכנית. בחירת מועמדים לרבייה על בסיס GEBV במקום על בסיס ערכי רבייה מוערכים מבוססי אילן יוחסין בלבד, האיצה באופן מדיד את קצב ההתקדמות הגנטית במספר תוכניות טיפוח מרכזיות בחקלאות ימית, מכיוון שמידע גנומי מאפשר למגדלים לקבל החלטות בחירה מדויקות יותר בשלב מוקדם יותר בחיי החיה, לפני שניתן לצפות בביצועים פנוטיפיים מלאים, ובכך מקצר את מרווח הדורות הדרוש להשגת רמה נתונה של שיפור גנטי.
