जीनोमिक अनुमानित प्रजनन मूल्य (GEBV) और ssGBLUP
एक जीनोमिक अनुमानित प्रजनन मूल्य (GEBV) किसी व्यक्ति के आनुवंशिक गुणों का अनुमान लगाता है, उसके अपने सघन आनुवंशिक मार्कर प्रोफाइल को रिश्तेदारों की एक बड़ी संदर्भ आबादी से प्राप्त लक्षण और मार्कर डेटा के साथ जोड़कर। यह वंशावली और फेनोटाइप रिकॉर्ड पर आधारित अनुमानों की तुलना में काफी अधिक सटीक भविष्यवाणी प्रदान करता है। यह विशेष रूप से रोग प्रतिरोधक क्षमता या मांस की गुणवत्ता जैसे लक्षणों के लिए मूल्यवान है, जिन्हें केवल जानवर का बलिदान करके या उसे रोग चुनौती के संपर्क में लाकर ही मापा जा सकता है। इसका अर्थ है कि वास्तविक उम्मीदवार प्रजनन पशु को उस विशिष्ट लक्षण के लिए सीधे फेनोटाइप नहीं किया जा सकता है, लेकिन उसका जीनोमिक प्रोफाइल अभी भी प्रजनकों को यह अनुमान लगाने में मदद करता है कि उसके विशिष्ट आनुवंशिक मार्करों ने मापे गए रिश्तेदारों में कैसा प्रदर्शन किया। सिंगल-स्टेप जीनोमिक BLUP (ssGBLUP) अब मानक सांख्यिकीय विधि है जो जीनोमिक मार्कर डेटा, वंशावली संबंध डेटा और फेनोटाइपिक रिकॉर्ड को एक ही विश्लेषणात्मक चरण में एक एकीकृत भविष्यवाणी मॉडल में जोड़ती है। यह पुरानी बहु-चरणीय विधियों की जगह लेती है जो इन विभिन्न डेटा स्रोतों को कम कुशलता से जोड़ती थीं और चरणों के बीच सूचना हानि या असंगति की अधिक संभावना होती थी। भविष्यवाणी की सटीकता मॉडल को कैलिब्रेट करने के लिए उपयोग की जाने वाली संदर्भ आबादी के आकार और प्रासंगिकता पर बहुत अधिक निर्भर करती है, क्योंकि एक जीनोमिक भविष्यवाणी उतनी ही अच्छी होती है जितनी कि आनुवंशिक मार्करों को वास्तविक लक्षण परिणामों से जोड़ने वाला अंतर्निहित प्रशिक्षण डेटा कितना प्रतिनिधि और बड़ा है। इसका अर्थ है कि प्रजनन कार्यक्रम लगातार अपनी संदर्भ आबादी को प्रत्येक नई पीढ़ी के फेनोटाइप और जीनोटाइप डेटा के साथ अद्यतन और विस्तारित करते हैं, विशेष रूप से क्रमिक प्रजनन चक्रों में भविष्यवाणी की सटीकता को बनाए रखने और सुधारने के लिए, बजाय इसके कि कार्यक्रम के इतिहास में एक बार स्थापित एक स्थिर संदर्भ आबादी पर निर्भर रहें। केवल वंशावली-आधारित अनुमानित प्रजनन मूल्यों के बजाय GEBV के आधार पर प्रजनन उम्मीदवारों का चयन करने से कई प्रमुख जलीय कृषि प्रजनन कार्यक्रमों में आनुवंशिक लाभ दर में उल्लेखनीय वृद्धि हुई है, क्योंकि जीनोमिक जानकारी प्रजनकों को जानवर के जीवन में पहले, पूर्ण फेनोटाइपिक प्रदर्शन के अवलोकन योग्य होने से पहले, अधिक सटीक चयन निर्णय लेने की अनुमति देती है, जिससे आनुवंशिक सुधार के एक निश्चित स्तर को प्राप्त करने के लिए आवश्यक पीढ़ी अंतराल कम हो जाता है।