水源処理（井戸水、河川水、海水）

取水段階で、魚に到達する前に水を処理することは、バイオセキュリティおよび水質管理における最初かつ最も安価な防衛線である。井戸水は通常病原体を含まないが、高濃度の溶存CO₂（10〜50 mg/L）、鉄、マンガンを含み、溶存酸素が低いことが多い。脱気カスケードと曝気、および鉄分を0.3 mg/L以下にするマンガン砂ろ過が標準的であり、地表水混入のリスクがある場合はオゾンやUVを併用する。河川水や湖水は逆の問題を抱えており、懸濁物質（季節により10〜500 mg/L）、藻類、野生魚の病原体、農業排水が豊富である。典型的な処理工程は、粗ろ過、凝集・フロック形成、沈殿または加圧浮上、急速砂ろ過、そして30〜60 mJ/cm²のUV照射を行い、残留物を継続的にチェックする。海水取水処理は、ポンプや生物ろ過槽を保護するためのろ過、大型付着生物の制御が中心であり、繊細な孵化場では、寄生虫の幼生や細菌を除去するためにUF膜や1 µmカートリッジフィルター、UVを組み合わせる。硬度の高い地下水は、pHとアルカリ度を目標範囲内に保つために軟水化や酸添加が必要な場合がある。すべての取水設計は、最悪の条件（洪水、アオコ発生）において水源がどのような生物や化学物質を含んでいるか、どの処理工程でそれらを除去するか、そして処理が失敗した場合にどのように養殖場を保護するか（理想的には1〜2日分の原水貯留槽と自動切り替え弁を備える）という3つの問いに答える必要がある。