טיפול במקור מים (באר, נהר, מי ים)
טיפול במים בנקודת השאיבה, לפני שהם מגיעים לדגים, הוא קו ההגנה הראשון והזול ביותר בביטחון ביולוגי ובניהול איכות מים. מי באר נקיים בדרך כלל מפתוגנים אך לעיתים קרובות מכילים רמות גבוהות של CO₂ מומס (10–50 מ"ג/ליטר), ברזל, מנגן, וחמצן מומס נמוך; מפלגי דה-גזיפיקציה בתוספת אוורור וסינון חול-מנגן לרמה של מתחת ל-0.3 מ"ג/ליטר ברזל הם סטנדרטיים, עם אוזון או UV מדי פעם לכל סיכון של חדירת מים עיליים. מי נהר ואגם מציגים בעיה הפוכה: עשירים במוצקים מרחפים (10–500 מ"ג/ליטר עונתית), אצות, פתוגנים של דגי בר, ונגר חקלאי; מערכות טיפול אופייניות כוללות סינון גס, קואגולציה-פלוקולציה, שיקוע או ציפה באוויר מומס, סינון חול מהיר, ולאחר מכן UV בעוצמה של 30–60 מיליג'אול/סמ"ר, עם בדיקה רציפה של שאריות. טיפול במי ים מתמקד בסינון להגנת משאבות וביופילטרים, בקרת זיהום מאקרו, ובמדגרות רגישות, ממברנות UF או סינון מחסניות של 1 מיקרון בתוספת UV כדי למנוע כניסת זחלי טפילים וחיידקים. מי תהום בעלי קשיות גבוהה עשויים לדרוש ריכוך או מינון חומצה כדי לשמור על רמות pH ואלקליניות בטווחים הרצויים. כל תכנון של נקודת שאיבה צריך לענות על שלוש שאלות: אילו אורגניזמים וכימיקלים המקור נושא בתנאי המקרה הגרוע ביותר (שיטפון, פריחת אצות), אילו שלבי טיפול מסירים אותם, וכיצד החווה מוגנת אם הטיפול נכשל, באופן אידיאלי עם מאגר מים גולמי בגודל המספיק ל-1–2 ימים ושסתומי הטיה אוטומטיים.
