Protocoles d'élimination des carcasses et des mortalités
Les protocoles d'élimination des mortalités régissent la manière dont les animaux morts sont collectés, manipulés et éliminés afin de ne pas devenir eux-mêmes un risque pour la biosécurité ou l'environnement. En effet, une carcasse en décomposition laissée dans ou près d'un système d'élevage est à la fois une source directe de dégradation de la qualité de l'eau (demande en oxygène, libération d'ammoniac) et, si la mortalité était liée à une maladie, un réservoir concentré d'agents pathogènes pouvant réinfecter la population vivante restante si elle n'est pas retirée rapidement et traitée correctement. Les méthodes d'élimination acceptées varient selon l'échelle et la juridiction réglementaire, mais comprennent couramment la transformation en farine de poisson ou d'autres flux de sous-produits (uniquement lorsque la cause de la mortalité ne l'empêche pas et que les réglementations le permettent), le compostage dans des conditions contrôlées générant suffisamment de chaleur pour inactiver la plupart des agents pathogènes, l'incinération pour les événements de maladies à haut risque, et l'enfouissement ou l'élimination en décharge autorisée, chacun étant choisi en fonction du volume de mortalité, de la cause suspectée et de la réglementation environnementale locale. Lors d'une épidémie confirmée, les protocoles d'élimination évoluent généralement vers la méthode la plus destructrice pour les agents pathogènes disponible (incinération ou équarrissage à haute température plutôt que compostage), spécifiquement parce que les méthodes d'élimination de routine adéquates pour la mortalité de fond peuvent ne pas inactiver de manière fiable un agent pathogène épidémique. La fréquence quotidienne de collecte des mortalités est aussi importante que la méthode d'élimination, car même une méthode d'élimination correcte appliquée à des carcasses laissées dans le système pendant des jours a déjà permis une dégradation de la qualité de l'eau et une amplification des agents pathogènes qu'un retrait rapide aurait empêchées.