פרוטוקולי סילוק פגרים ותמותה
פרוטוקולי סילוק תמותה קובעים כיצד מלאי מת נאסף, מטופל ומסולק באופן שאינו הופך בעצמו לסיכון ביטחון ביולוגי או סביבתי. זאת מכיוון שפגר מתפרק שנותר בתוך או ליד מערכת גידול הוא גם מקור ישיר להידרדרות איכות המים (דרישת חמצן, שחרור אמוניה) וגם, אם התמותה הייתה קשורה למחלה, מאגר מרוכז של פתוגנים שיכול להדביק מחדש את האוכלוסייה החיה הנותרת אם לא יוסר במהירות ויטופל נכון. שיטות סילוק מקובלות משתנות לפי קנה מידה ותחום שיפוט רגולטורי, אך כוללות בדרך כלל עיבוד לקמח דגים או לזרמי תוצרי לוואי אחרים (רק כאשר גורם התמותה אינו מונע זאת והתקנות מתירות), קומפוסטציה בתנאים מבוקרים המייצרים מספיק חום כדי להשבית את רוב הפתוגנים, שריפה לאירועי מחלה בסיכון גבוה, וקבורה מורשית או סילוק למטמנה, כאשר כל אחת נבחרת על בסיס נפח התמותה, הגורם החשוד והתקנות הסביבתיות המקומיות. במהלך התפרצות מחלה מאושרת, פרוטוקולי הסילוק עולים בדרך כלל לשיטה ההרסנית ביותר לפתוגנים הזמינה (שריפה או עיבוד בטמפרטורה גבוהה במקום קומפוסטציה) במיוחד מכיוון ששיטות סילוק שגרתיות המתאימות לתמותת רקע עשויות שלא להשבית באופן אמין פתוגן הגורם למגפה. תדירות איסוף התמותה היומית חשובה לא פחות משיטת הסילוק, שכן גם שיטת סילוק נכונה המיושמת על פגרים שנותרו במערכת במשך ימים כבר אפשרה הידרדרות באיכות המים והגברת פתוגנים שסילוק מהיר היה מונע.
