養殖育種のためのSNPジェノタイピングアレイ

SNPジェノタイピングアレイは、個体のゲノム全体に散在する特定の単一塩基変異である数千から数十万の単一ヌクレオチド多型（SNP）の位置を、単一の組織サンプルから同時に読み取ります。これにより、かつては広範で時間のかかる単一マーカーテストが必要だった作業が、単一の標準化されたアッセイに変換され、親子鑑定、近交系モニタリング、ゲノム選抜計算をすべて同じ基礎データセットからサポートする高密度の遺伝子フィンガープリントが生成されます。アレイ密度、つまり含まれるSNP位置の数は、コストと解像度のトレードオフ関係にあります。低密度アレイはサンプルあたりのコストが安く、基本的な親子鑑定や血縁関係の確認には十分ですが、ゲノム選抜のより詳細な育種価予測に必要な高密度アレイはサンプルあたりのコストが高くなります。しかし、高密度アレイはゲノム全体の十分なバリエーションを捕捉し、血統記録のみを使用する場合よりも予測精度を大幅に向上させます。種特異的なSNPアレイを構築するには、どのSNP位置が情報豊富で、対象となる育種集団全体で一貫してジェノタイピング可能かを特定するために、ゲノムシーケンシングと変異発見に初期投資が必要です。これは、確立された養殖育種種（サケ、エビ、成熟した商業育種プログラムを持ついくつかの有鰭魚種）には、現在、目的別に構築され検証されたアレイが利用可能であることを意味します。一方、商業的にあまり開発されていない種のための新規または小規模な育種プログラムは、より安価だが低解像度の遺伝子マーカーパネルに依存するか、費用のかかるカスタムアレイ開発を依頼しなければならないことがよくあります。アレイ技術とシーケンシングコストが業界全体で低下したため、サンプルあたりのコストは大幅に下落しました。これが、ゲノム選抜を、最大かつ最も資金力のある育種プログラムのみが利用できるツールから、中規模の商業育種事業でもますます利用しやすくなるものへと拡大させた最大の要因です。