Genomische Selectie (Aquacultuur)

Genomische selectie is een kweekmethode die genoombrede markergegevens gebruikt, doorgaans tienduizenden SNP's, samen met fenotypische gegevens om het genetisch potentieel (genomisch geschatte kweekwaarde, GEBV) van kandidaat-roederschap te voorspellen voordat ze de voortplantingsleeftijd bereiken. In de aquacultuur, waar eigenschappen zoals ziektebestendigheid en filetkwaliteit alleen kunnen worden gemeten door vissen uit te dagen of te doden, is genomische selectie transformerend: een referentiepopulatie van enkele duizenden gescreende en gefenotypeerde vissen traint een voorspellingsmodel, dat vervolgens wordt toegepast op duizenden selectie kandidaten die als juvenielen zijn gescreend. Gerapporteerde nauwkeurigheden van GEBV's voor weerstand tegen zeewormen, bacteriële ziekten en virale pankreasaandoeningen variëren van 0,4 tot 0,8, afhankelijk van de grootte van de referentiepopulatie en de erfelijkheid van het kenmerk, en verdubbelen ruwweg de selectierespons vergeleken met traditionele familieselectie. De operationele gevolgen zijn snellere generaties, lagere kosten per selectiebeslissing en de mogelijkheid om eigenschappen te selecteren die voorheen te duur waren om bij kandidaten te meten. Genomische selectie vereist voortdurende investeringen in SNP-chips of sequencing, een goed onderhouden stamboom en zorgvuldige controle van de effectieve populatiegrootte, zodat intense op markers gebaseerde selectie de genetische diversiteit niet doet instorten. Het is nu standaard in de fokkerij van Atlantische zalm en verspreidt zich naar garnalen-, zeebrasem- en tilapia-programma's.