qPCR Patojen Tanısı

Kantitatif PCR (qPCR), patojene özgü kısa bir DNA veya RNA segmentini tekrarlayan enzimatik replikasyon döngüleri aracılığıyla çoğaltırken, floresan sinyali gerçek zamanlı olarak ölçer. Bu sayede hem patojenin varlığını doğrular hem de bir tespit eşiğini geçmek için kaç amplifikasyon döngüsüne ihtiyaç duyulduğuna göre örnekteki göreceli miktarını tahmin eder; daha az döngü, daha yüksek başlangıç patojen yükü anlamına gelir. Hız (kültüre dayalı bakteriyel tanı için gereken günler yerine saatler içinde sonuç), yüksek hassasiyet (görünür klinik belirtilere neden olanın çok altındaki enfeksiyon yüklerini tespit edebilme) ve kantifikasyonun bu birleşimi, qPCR'ı karideslerdeki WSSV gibi viral patojenler ve geleneksel laboratuvar yöntemleriyle kültürü zor veya imkansız olan çeşitli bildirimi zorunlu balık virüsleri için baskın ön saflarda tanı yöntemi haline getirmiştir. Tanı hizmeti alıcılarının anlaması gereken kritik bir sınırlama, qPCR'ın genetik materyali tespit etmesidir, mutlaka canlı, enfeksiyöz bir organizmayı değil. Bu nedenle, ölü veya daha önce maruz kalmış ve iyileşmiş bir hayvandan ya da bir örneğin çevresel DNA kontaminasyonundan elde edilen pozitif bir sonuç, herhangi bir pozitif sonucu aktif hastalığın otomatik kanıtı olarak ele almak yerine, ham test sonucunun yanı sıra klinik ve epidemiyolojik yorumlama gerektirir. Primer ve prob tasarımının özgüllüğü, bir testin hedef patojeni yakından ilişkili, patojenik olmayan organizmalardan güvenilir bir şekilde ayırıp ayıramayacağını belirler; bu nedenle, adı geçen bildirimi zorunlu hastalıklar için doğrulanmış, yayınlanmış primer setleri, karakterize edilmemiş kurum içi bir testten daha fazla tanısal ağırlık taşır.