qPCR Pathogen Diagnostics

Ang Quantitative PCR (qPCR) ay nagpaparami ng maikling, pathogen-specific na segment ng DNA o RNA sa pamamagitan ng paulit-ulit na enzymatic replication cycles habang sinusukat ang fluorescent signal sa real time, na parehong kinukumpirma ang presensya ng pathogen at tinataya ang kaukulang dami nito sa sample mula sa kung ilang amplification cycles ang kailangan upang maabot ang detection threshold, mas kaunting cycles ay nangangahulugang mas mataas na paunang dami ng pathogen. Ang kombinasyong ito ng bilis (mga resulta sa loob ng ilang oras sa halip na araw na kailangan sa culture-based na bacterial diagnosis), mataas na sensitivity (kayang makita ang infection loads na mas mababa kaysa sa nagdudulot ng nakikitang clinical signs), at pagkakakwan ay ginawa ng qPCR bilang pangunahing diagnostic method para sa mga viral pathogens tulad ng WSSV sa hipon at ilang notifiable finfish viruses na mahirap o imposibleng i-culture sa tradisyonal na laboratory methods. Isang kritikal na limitasyon na dapat maunawaan ng mga bumibili ng mga serbisyong diagnostiko ay ang qPCR ay tumutukoy sa materyal na genetiko, hindi kinakailangang sa isang buhay o nakakahawang organismo, kaya ang positibong resulta sa isang patay o dating hayop na na-expose at nakalinis na, o mula sa kontaminasyon ng environmental DNA sa isang sample, ay nangangailangan ng klinikal at epidemiolohikal na interpretasyon kasabay ng raw na resulta ng pagsusuri sa halip na ituring ang anumang positibo bilang automatic na patunay ng aktibong sakit. Ang espesipikong disenyo ng primer at probe ang nagtatakda kung ang isang pagsusuri ay maaasahang nakikilala ang target na pathogen mula sa mga malapit na kaugnay na hindi-patogenikong organismo, kaya ang validated na nailathalang primer sets para sa mga tinukoy na notifiable diseases ay may mas malaking diagnostic na timbang kaysa sa isang hindi pa nailarawang in-house assay.