Chẩn đoán mầm bệnh bằng qPCR

PCR định lượng (qPCR) nhân bản một đoạn DNA hoặc RNA ngắn đặc hiệu của mầm bệnh thông qua các chu kỳ nhân bản enzym lặp đi lặp lại đồng thời đo tín hiệu huỳnh quang theo thời gian thực, giúp xác nhận sự hiện diện của mầm bệnh và ước tính số lượng tương đối của nó trong mẫu dựa trên số chu kỳ nhân bản cần thiết để vượt ngưỡng phát hiện (số chu kỳ càng ít nghĩa là tải lượng mầm bệnh ban đầu càng cao). Sự kết hợp giữa tốc độ (cho kết quả trong vài giờ thay vì vài ngày như phương pháp nuôi cấy vi khuẩn), độ nhạy cao (có khả năng phát hiện tải lượng nhiễm bệnh thấp hơn nhiều so với mức gây ra triệu chứng lâm sàng) và khả năng định lượng đã đưa qPCR trở thành phương pháp chẩn đoán tuyến đầu chủ lực đối với các vi-rút gây bệnh như WSSV trên tôm và nhiều vi-rút cá vây thuộc diện phải khai báo vốn khó hoặc không thể nuôi cấy bằng phương pháp truyền thống. Một hạn chế quan trọng mà người sử dụng dịch vụ chẩn đoán cần hiểu là qPCR phát hiện vật liệu di truyền chứ không nhất thiết là sinh vật sống còn khả năng gây nhiễm; do đó, kết quả dương tính trên mẫu động vật đã chết, động vật đã khỏi bệnh hoặc do nhiễm DNA từ môi trường đòi hỏi phải được diễn giải cùng với thông tin lâm sàng và dịch tễ học thay vì mặc định coi mọi kết quả dương tính là bằng chứng của bệnh đang bùng phát. Độ đặc hiệu trong thiết kế mồi (primer) và mẫu dò (probe) quyết định việc phép thử có phân biệt chính xác mầm bệnh mục tiêu với các sinh vật không gây bệnh có quan hệ họ hàng gần hay không, đó là lý do tại sao các bộ mồi đã được thẩm định và công bố cho các bệnh quy định có giá trị chẩn đoán cao hơn nhiều so với các xét nghiệm nội bộ chưa được đặc tính hóa.