תרבית ובידוד חיידקים (מעבדת אבחון)

אבחון חיידקי מבוסס תרבית מגדל דגימה קלינית – דם, משטח נגע, רקמת איבר פנימי – על מצעי גידול סלקטיביים ודיפרנציאליים שנוסחו לעודד את גידול הפתוגן החשוד תוך דיכוי חיידקי רקע מתחרים. לאחר מכן, מבודדים מושבות בודדות לזיהוי, וחשוב מכך, לבדיקת רגישות לאנטיביוטיקה, שאותה שיטות מולקולריות כמו qPCR אינן יכולות לספק, שכן PCR מאשר את הזהות הגנטית של פתוגן אך אינו אומר דבר על הטיפולים שהאורגניזם החי יגיב אליהם בפועל. התהליך אורך זמן רב יותר באופן משמעותי מאבחון מבוסס PCR, בדרך כלל 24-72 שעות או יותר בהתאם לקצב הגידול של האורגניזם. זהו החיסרון המעשי העיקרי, הנשקל מול יכולתו הייחודית לייצר בידוד חי לאפיון נוסף ובדיקות להנחיית טיפול. זיהוי מושבה מבודדת הסתמך באופן מסורתי על פאנלים של בדיקות ביוכימיות (סדרת תגובות מטבוליות המבחינות בין סוגים ומינים של חיידקים), אך כיום משתמשים יותר ויותר בשיטות מהירות כגון ספקטרומטריית מסה MALDI-TOF או ריצוף גנטי חלקי של הבידוד לאישור מינים מהיר ומדויק יותר. בניהול בריאות בחקלאות ימית בפרט, תרבית מאושרת עם תוצאות רגישות לאנטיביוטיקה היא הבסיס הסטנדרטי לבחירת טיפול מתאים, במקום ליישם אנטיביוטיקה רחבת טווח על סמך חשד קליני בלבד – הבחנה שחשובה ישירות לניהול עמידות לאנטימיקרוביאלים.