אבחון פתוגנים ב-qPCR

PCR כמותי (qPCR) מגביר מקטע קצר וספציפי לפתוגן של DNA או RNA באמצעות מחזורי שכפול אנזימטיים חוזרים ונשנים, תוך מדידת אות פלואורסצנטי בזמן אמת. שיטה זו מאשרת את נוכחות הפתוגן ומעריכה את כמותו היחסית בדגימה לפי מספר מחזורי ההגברה שנדרשו כדי לחצות סף זיהוי, כאשר פחות מחזורים מעידים על עומס פתוגנים התחלתי גבוה יותר. שילוב זה של מהירות (תוצאות תוך שעות במקום ימים הנדרשים לאבחון חיידקי מבוסס תרבית), רגישות גבוהה (מסוגל לזהות עומסי הדבקה נמוכים בהרבה ממה שגורם לסימנים קליניים גלויים), וכימות, הפך את ה-qPCR לשיטת האבחון המובילה עבור פתוגנים ויראליים כגון WSSV בשרימפס וכמה וירוסים של דגי סנפיר הניתנים לדיווח, שקשה או בלתי אפשרי לתרבת בשיטות מעבדה מסורתיות. מגבלה קריטית שרוכשי שירותי אבחון צריכים להבין היא ש-qPCR מזהה חומר גנטי, לא בהכרח אורגניזם חי ומדבק. לכן, תוצאה חיובית בבעל חיים מת או כזה שנחשף בעבר והחלים, או מזיהום DNA סביבתי של דגימה, דורשת פרשנות קלינית ואפידמיולוגית לצד תוצאת הבדיקה הגולמית, במקום להתייחס לכל תוצאה חיובית כהוכחה אוטומטית למחלה פעילה. ספציפיות תכנון הפריימר והפרוב קובעת אם בדיקה מבחינה באופן מהימן בין הפתוגן המטרה לאורגניזמים קרובים שאינם פתוגניים, וזו הסיבה שערכות פריימר מאומתות ומפורסמות למחלות ניתנות לדיווח נושאות משקל אבחוני רב יותר מאשר בדיקה פנימית לא מאופיינת.