הצטברות ניטראט
הצטברות ניטראט היא הצטברות הדרגתית של NO3-, תוצר הסיום של תהליך הניטריפיקציה, במערכות שבהן החלפת מים ודניטריפיקציה מוגבלות. בניגוד לאמוניה וניטריט, ניטראט רעיל רק במעט, אך חשיפה כרונית עדיין משמעותית: רוב דגי החווה מראים השפעות תת-קטלניות (גדילה מופחתת, הפרעה בבלוטת התריס, פגיעה בוויסות אוסמוטי) מעל 50-100 מ"ג/ליטר, בעוד שזחלי ים ושרימפס רגישים עלולים להיכנס למצוקה מעל 10-20 מ"ג/ליטר. יעדי ניהול במערכות סירקולציה אינטנסיביות הם בדרך כלל מתחת ל-100 מ"ג/ליטר עבור סלמונידים, מתחת ל-200 מ"ג/ליטר עבור דגי מים חמים, ומתחת ל-40 מ"ג/ליטר עבור מדגרות ימיות. ניטראט נמדד באמצעות ערכות בדיקה, פוטומטרים או אלקטרודות סלקטיביות ליונים; בפועל הוא הופך לאות לצורך בהחלפת מים או לקביעת גודל כור דניטריפיקציה. אפשרויות הבקרה הן החלפת מים שגרתית, קליטת אצות או צמחים במערכות אקוופוניקה וביופלוק, ומיטות או כורים דניטריפיקציה אנאירוביים ייעודיים שבהם חיידקים הטרוטרופיים מפחיתים ניטראט לגז חנקן. הצטברות מוזנחת מדרדרת באיטיות את המרת המזון ואת הכשירות החיסונית, ולכן יש לשרטט גרפים של מגמות הניטראט לצד קצבי ההאכלה.