פתוגן

פתוגן הוא כל מיקרואורגניזם או טפיל המסוגל לגרום למחלה בפונדקאי – בחקלאות ימית, טווח זה נע בין גורמים קטלניים אובליגטוריים כמו וירוסים (העלולים להרוס אפילו מלאי מנוהל היטב וללא עקה) ועד לחיידקים אופורטוניסטיים כמו Aeromonas, Vibrio ו-Pseudomonas, אשר קיימים בדרך כלל ברמות רקע בלתי מזיקות וגורמים למחלה רק כאשר הגנות הפונדקאי נחלשות. האם מחלה אכן מתרחשת היא תוצר של עומס הפתוגן, רגישות הפונדקאי ותנאי הסביבה המקיימים אינטראקציה – השילוש האפידמיולוגי הקלאסי – וזו הסיבה להתפרצויות בחקלאות ימית שהן בדרך כלל הסימפטום הנראה לעין של כשל באיכות המים, בצפיפות או בטיפול, ולא מזל רע אקראי. גורמי עקה הכוללים צפיפות יתר, היפוקסיה, חשיפה לאמוניה, שינויי טמפרטורה מהירים וטיפול, כולם מעלים את רמות הקורטיזול ומדכאים את התפקוד החיסוני, ומטים את האיזון לכיוון אורגניזמים שהדגים היו עמידים בפניהם אחרת. פתוגנים מתפשטים דרך מים, ציוד מזוהם, מזון חי ותנועת מלאי בין חוות, וזו הסיבה שבידוד (הסגר), חיטוי וניהול אצווה בשיטת 'הכל פנימה-הכל החוצה' הם כלי הביטחון הביולוגי המרכזיים בתעשייה. מעקב מודרני מסתמך על אבחון מולקולרי – בדיקות qPCR ו-RT-PCR המזהות DNA או RNA של פתוגנים בריכוזים נמוכים מאוד – המאפשרות גילוי מוקדם במלאי רבייה הנראה בריא ותוכניות הסמכה כמו SPF לפני הופעת מחלה קלינית.